针对“市纪委检查乡镇案卷出了问题，怎么处罚”这一问题，首先需要明确的是，具体的处罚措施会依据问题的性质、严重程度以及相关法律法规来决定。以下是根据不同情况可能采取的处罚方式：

1. 行政处分：

   • 如果乡镇案卷中的问题属于轻微的行政违规或管理不善，相关责任人可能会受到行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职等。这些处分旨在对责任人进行惩戒，并促使其改正错误。

2. 党纪处分：

   • 若涉及的问题与党纪有关，如违反党的纪律规定，相关责任人可能会受到党纪处分，如党内警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。党纪处分的严厉程度会根据违规行为的性质和影响来确定。

3. 法律责任：

   • 如果乡镇案卷中的问题涉嫌违法，如贪污、受贿、滥用职权等，相关责任人可能会面临法律追究，包括刑事责任和民事责任。这种情况下，市纪委可能会将案件移送司法机关处理，由法院根据法律规定进行判决。

4. 其他措施：

   • 除了上述处罚外，市纪委还可能采取其他措施，如责令整改、通报批评、取消评优评先资格等，以督促乡镇改进工作，加强案卷管理。

综上所述，市纪委检查乡镇案卷发现问题后的处罚措施是多样化的，具体会根据问题的性质和严重程度来决定。如果你或你所在单位面临此类情况，建议积极配合市纪委的调查，主动说明情况，争取从轻或减轻处理。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。