当公司自用车辆转让给公司时，开票和报税流程需要遵循相关税务规定。以下是对这一流程的详细解答：

一、开票流程

1. 发票类型：

   • 公司出售自用车辆，应使用公司的发票进行开具，而不是二手车市场的发票。
   • 如果车辆购进时已抵扣进项税额，销售时应按照适用税率（如13%）征收增值税，并可开具增值税专用发票或普通发票。
   • 若公司销售自己使用过的且未抵扣进项税额的固定资产（如车辆），则按照简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税，并开具增值税普通发票。

2. 发票内容：

   • 发票上应明确注明车辆的详细信息，包括车辆名称、型号、车牌号、销售金额等。
   • 税收编码应为机动车的商品编码。

3. 开票准备：

   • 确保公司拥有车辆的完整所有权，并准备好行驶证、登记证书等相关文件。
   • 双方签订正式的销售合同，明确交易细节。

二、报税流程

1. 增值税：

   • 根据纳税人类型（一般纳税人或小规模纳税人）和车辆购进时是否抵扣进项税额，按照相应的税率或征收率计算增值税。
   • 一般纳税人简易计税：应纳税额 = 含税销售额 ÷（1 + 3%）× 2%。
   • 一般纳税人适用税率：应纳税额 = 含税销售额 ÷（1 + 13%）× 13%。
   • 小规模纳税人：应纳税额 = 含税销售额 ÷（1 + 3%）× 2%。

2. 附加税：

   • 基于实际缴纳的增值税额计算，包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。

3. 印花税：

   • 按照“产权转移书据”缴纳印花税，税率为万分之五。

4. 企业所得税：

   • 车辆出售所得收入应计入公司应纳税所得额，并按企业所得税法规定缴纳企业所得税。

三、具体办理步骤

1. 准备相关资料：包括车辆行驶证、机动车登记证书、购车发票、公司营业执照副本等。
2. 签订销售合同：明确双方的权利和义务，确保交易的合法性。
3. 开具发票：根据前述规定开具相应的发票。
4. 申报纳税：在规定的纳税申报期内，通过电子税务局或前往办税服务厅进行纳税申报，并缴纳相应的税款。
5. 车辆过户：双方需前往车管所办理车辆过户手续，提交必要的文件和资料。
6. 保留凭证：公司应妥善保留所有与交易相关的文件和凭证，以备未来税务审计或检查。

综上所述，公司自用车辆转让给公司时，需要严格按照相关税务规定进行开票和报税。建议公司在操作前咨询当地税务机关或专业律师，以确保合规性并避免法律风险。