如果您和母亲的户口不在一起，但需要证明母女关系，您可以根据实际情况选择以下几种方法来证明：

1. 出生医学证明：

   • 如果您持有自己的《出生医学证明》，该证明上通常会记录您的父母信息，可以作为母女关系的直接证据。

2. 户口簿：

   • 虽然您和您母亲的户口不在一起，但如果户口簿上有记录您的出生信息以及与您母亲的亲属关系（如某些地区的户口簿会记录子女的出生情况和父母信息），这也可以作为证明。

3. 亲子关系公证书：

   • 您可以前往公证机关，申请出具亲子关系公证书。这需要您和您母亲共同前往，并提供相关身份信息和证明材料，如身份证、户口本（即使不在同一本上也需携带）、照片等。

4. 派出所出具的亲子关系证明或户口底册复印件：

   • 您和您母亲可以分别前往各自户籍所在地的派出所，申请出具亲子关系证明。如果派出所无法直接出具，您可以尝试申请户口底册的复印件，上面可能记录有您的出生和亲属关系信息。

5. 街道办或乡（镇）政府出具的父母子女关系证明：

   • 您还可以尝试前往您或您母亲户籍所在地的街道办或乡（镇）政府，申请出具父母子女关系证明。该证明需要列明所有关系人员的姓名、身份证号码等信息。

6. 人事档案履历表：

   • 如果您或您母亲的工作单位有人事档案，且档案中包含了反映亲子关系的内容（如家庭成员信息表、履历表等），这也可以作为证明。

7. 亲子关系司法鉴定意见书：

   • 如果以上方法都无法证明，您还可以选择进行亲子关系司法鉴定。这需要您和您母亲共同前往具有司法鉴定资质的机构，进行DNA鉴定。鉴定结果将出具亲子关系司法鉴定意见书，作为母女关系的法律证据。

请根据您的实际情况选择最适合的方法。如果您需要办理相关业务（如户籍迁移等），建议提前咨询相关部门或机构的具体要求和流程。