面对法院调查令，单位不配合的情况，可以从以下几个方面处理：

1. 明确不配合的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，持有法院签发的调查令的律师有权向有关单位或个人调查收集证据，被调查人应当积极配合。若单位无正当理由拒不履行协助义务，法院有权根据情节轻重处以罚款（对个人为十万元以下，对单位为五万元以上一百万元以下），并可能对其主要负责人或直接责任人予以拘留或罚款。此外，法院还可采取查封、扣押、冻结等强制执行手段获取必要证据。

2. 采取针对性应对措施：

   • 与单位沟通协商：首先尝试与单位进行沟通，阐明调查令的法律效力及不配合的后果，争取对方的理解与配合。若因程序问题或涉及敏感信息受阻，可请求法院指导完善手续或协商调整调查方式。
   • 向签发法院申请协助：若单位仍不配合，应向签发调查令的法院提交书面报告，详细说明不配合的情况及已采取的措施，并申请法院强制执行或提供其他协助。
   • 通过法律途径追究责任：对不配合行为造成损失的，可提起妨碍诉讼程序责任之诉，主张赔偿。同时，也可向单位的主管部门投诉举报，借助行政力量督促整改。

3. 注意事项与建议：

   • 确保调查令合法有效，核实调查令由具备管辖权的法院签发，内容明确具体且未超出法定权限。
   • 在调查取证过程中，应严格遵守保密规定，不得泄露调查中知悉的商业秘密或个人隐私。
   • 提前评估调查难度，制定应急预案。遇复杂情况时，应及时咨询专业律师意见，以确保调查工作的顺利进行。

综上所述，面对法院调查令，单位应积极配合，以避免不必要的法律纠纷。如单位不配合，可采取上述措施维护调查令的权威性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。