自建房合同约定入住即为工程合格是不合法的。下面我来详细解释一下：

首先，从法律角度来看，工程的合格与否应当依据相关的建筑工程质量标准、验收规范以及合同约定来进行判断，而不是简单地以入住作为标准。入住只是房屋使用的一个环节，它并不能代表工程在质量、安全等方面都达到了合格标准。

其次，如果合同中将入住视为工程合格的标准，那么这种约定可能会引发一系列的法律问题。例如，如果房屋在入住后出现质量问题，那么根据这种约定，开发商可能会以此为由拒绝承担质量责任，从而损害购房者的合法权益。

因此，在签订自建房合同时，双方应当明确约定工程合格的具体标准，包括但不限于工程质量、安全、环保等方面的要求，以及验收的程序和方式。这样不仅可以确保工程的质量和安全，还可以为双方在处理后续纠纷时提供明确的法律依据。

总之，自建房合同约定入住即为工程合格是不合法的，这种约定可能会损害购房者的合法权益。在签订合同时，双方应当明确约定工程合格的具体标准，以确保各自的权益得到有效保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。