申请复议的回复一般不是由原单位回复。具体分析如下：

在行政纠纷领域，当你对某个行政机关的决定不服并申请复议时，复议机关通常会是上一级行政机关或者法律、法规规定的复议机关，而不是作出原决定的机关。复议机关会对你的申请进行审查，并根据事实和法律作出复议决定。

1. 复议机关：复议机关通常是原行政机关的上一级行政机关，或者是法律、法规特别规定的复议机关。例如，如果你对某个市政府的决定不服，你可以向该市政府的上一级政府（如省政府）或者法律、法规规定的复议机关申请复议。

2. 复议程序：复议程序包括提交复议申请、复议机关受理、审查、作出复议决定等步骤。复议机关在受理你的申请后，会依法对原行政机关的决定进行审查，并可能听取你的陈述和申辩，以及原行政机关的说明和理由。

3. 复议决定：复议机关在审查完毕后，会根据事实和法律作出复议决定。这个决定可能是维持原决定、撤销原决定、变更原决定或者责令原行政机关重新作出决定等。

因此，申请复议的回复一般不是由原单位回复，而是由复议机关回复。如果你对复议决定仍然不服，你还可以依法提起行政诉讼，进一步维护你的合法权益。