可以确认劳动者与已经注销的公司之间存在劳动关系。关键在于收集充分的证据，并按照法律程序主张权利。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动关系确认的重要性
尽管公司已经注销，但劳动者与公司在存续期间实际发生的劳动用工事实不会因公司的注销而消失。确认劳动关系对于劳动者来说至关重要，它关系到劳动者的工伤认定、社保补缴、劳动报酬支付、经济补偿等一系列权益。
二、证据收集
为了证明劳动关系的存在，劳动者需要积极收集并保存以下证据：
- 书面劳动合同：这是最直接且有力的证据，能够明确双方的权利和义务。
- 工资支付凭证或记录：包括工资条、银行工资流水等，这些都能证明劳动者曾从公司获得报酬。
- 工作证、服务证等身份证明：如盖有公司公章的员工工作证、门禁卡等，这些都是劳动者身份的直接证明。
- 考勤记录：打卡记录、考勤表等可以反映劳动者的出勤情况和工作时间，是劳动关系存在的重要佐证。
- 其他劳动者的证言：同事的证人证言在一定程度上也可以作为证明劳动关系的证据，但需要确保证人具备相应的作证能力和条件，并且证言内容真实可信。
- 录音、录像等视听资料：劳动者在工作期间拍摄的与工作相关的照片、视频，或与公司负责人、管理人员的谈话录音等，也可作为证明劳动关系的辅助证据。
三、责任承担主体的确定
公司注销后，确定责任承担主体是维护劳动者权益的关键。具体分为以下几种情况：
- 依法清算注销：如果公司是依法进行清算并注销的，且清算报告中对员工权益等事项有妥善处理安排，那么应按照清算方案执行。但若清算存在瑕疵，如未依法通知劳动者、未对劳动债权进行清偿等，清算组成员可能需对劳动者的相关权益承担责任。
- 股东责任：若股东存在未足额出资、抽逃出资等损害债权人利益（包括劳动者权益）的情形，股东可能需在相应范围内对劳动者承担责任。
- 承继主体：如果公司注销后，其业务、资产等被其他主体承继，那么承继单位可能需要对原公司劳动者的权益负责。
四、法律程序
确认劳动关系通常需要通过以下法律程序进行：
- 劳动仲裁：劳动者应向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会受理后会安排开庭审理，并根据双方提交的证据和陈述进行裁决。
- 诉讼：如果劳动者或公司对仲裁结果不服，可以在规定的期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院将依据民事诉讼程序进行审理和判决。
综上所述，即使公司已经注销，劳动者仍然可以通过收集证据并按照法律程序来确认与公司之间的劳动关系，以维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。