在交通工具上发生的违法行为，其管辖权的确定主要依据犯罪行为发生地、交通工具的特定属性以及国际条约和国内法的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 基本原则

   • 犯罪行为发生地原则：这是确定管辖权的基本原则。无论交通工具处于何种状态（行驶中、停靠中），车上发生的刑事案件原则上由犯罪行为发生地的公安机关管辖。这包括实施地、预备地、途经地和结果发生地。例如，在行驶中的客车上发生的盗窃案件，若盗窃行为发生在某省境内，则该省境内的公安机关有权管辖。
   • 最初停靠地/目的地原则：对于行驶中的交通工具，如列车、航空器等，若犯罪行为发生在行驶过程中，且难以确定具体发生地，则通常由最初停靠地或目的地的公安机关管辖。对于国际列车，这一原则同样适用，但具体管辖可能涉及铁路运输法院。

2. 特定交通工具的管辖权

   • 国际列车：若我国与相关国家就国际列车上的犯罪管辖权有双边或多边协定，则优先按照协定执行。无协定时，由犯罪发生后该列车最初停靠的中国车站所在地或目的地的铁路运输法院管辖。
   • 航空器：在中国登记的航空器内犯罪，无论其处于何处（包括外国领空），中国均有管辖权。对于在中国领域外的外国航空器内犯罪，若该航空器降落在中国且犯罪嫌疑人被发现，中国也可行使管辖权。
   • 船舶：中国船舶内犯罪，无论其航行于何处（包括公海），均适用中国刑法。外国船舶在中国领海等管辖海域内犯罪，中国有管辖权。在公海上，通常按国际条约和国际习惯法确定管辖权，但涉及中国重大利益等特殊情况时，中国也可能主张管辖权。

3. 特殊情况下的管辖权

   • 始发地、途经地、到达地公安机关的管辖权：在必要时，这些公安机关也可对交通工具上的刑事案件行使管辖权。例如，若案件情况复杂，涉及多个地域，或最初停靠地公安机关无法及时赶到现场，始发地、途经地、到达地的公安机关可能被授权行使管辖权。
   • 管辖权争议与指定管辖：对于管辖不明确或有争议的案件，可由有关公安机关协商确定或由共同的上级公安机关指定管辖。这确保了案件的公正、及时处理。

4. 实际应用与注意事项

   • 管辖权异议：当事人对管辖权有异议时，可依法提出。相关机关将依法审查处理，确保管辖权的合法性和正当性。
   • 证据收集与移送：确定管辖权后，相关公安机关应及时收集证据并将案件材料移送至有管辖权的机关进行进一步处理。这有助于案件的顺利侦破和审判。

举例说明：假设在一列国际列车上发生了一起盗窃案件，且该列车在中国境内有停靠站。若盗窃行为发生在中国境内，则中国公安机关有权管辖；若盗窃行为发生在外国境内，但列车最终停靠在中国，且犯罪嫌疑人被发现，则中国公安机关同样有权根据相关协定或国内法行使管辖权。

总结与建议：交通工具上违法行为的管辖权问题复杂且重要，涉及国内法和国际法的多个方面。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和程序规定，确保案件的公正、及时处理。若您遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。