在代理转直营的过程中，如果涉及到员工用工主体的变更，且这种变更并非员工本人原因导致，那么根据相关法律法规，员工的工作年限及经济补偿应当合并计算。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第十条：
- 劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。
- 如果原用人单位已经向劳动者支付了经济补偿，新用人单位在依法解除、终止劳动合同时，计算支付经济补偿的工作年限时，不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第四十六条：
- 劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，原用人单位未支付经济补偿，劳动者依据劳动合同法第三十八条规定与新用人单位解除劳动合同，或者新用人单位向劳动者提出解除、终止劳动合同的，在计算支付经济补偿或赔偿金的工作年限时，劳动者请求把在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位工作年限的，人民法院应予支持。
二、具体应用
工作年限的合并计算：
- 当员工因代理转直营等非本人原因导致用工主体变更时，其在新用人单位的工作年限应包含在原用人单位的工作年限，即工龄连续计算。
- 这意味着，如果员工在原用人单位工作了3年，在新用人单位又工作了2年，那么其总工龄应为5年。
经济补偿的计算：
- 经济补偿的计算通常基于员工的工作年限和月工资水平。
- 在代理转直营的情况下，由于工龄连续计算，因此经济补偿也应根据连续计算的工作年限来支付。
- 例如，如果员工因代理转直营导致用工主体变更，且其总工龄为5年，月工资为5000元，那么其应获得的经济补偿为5个月工资，即25000元。
特殊情况的处理：
- 如果原用人单位已经向员工支付了经济补偿，那么新用人单位在计算经济补偿时，不再重复计算员工在原用人单位的工作年限。
- 如果员工在代理转直营过程中，因新用人单位的原因导致劳动合同解除或终止，且原用人单位未支付经济补偿，那么员工有权要求新用人单位根据其在原用人单位和新用人单位的总工作年限来支付经济补偿。
三、实际操作建议
保留相关证据：
- 员工应保留与原用人单位和新用人单位签订的劳动合同、工资单、考勤记录等证据，以证明其工作年限和工资水平。
及时咨询专业人士：
- 在代理转直营过程中，如果员工对用工主体变更、工作年限计算、经济补偿支付等问题存在疑问，应及时咨询劳动法律专业人士或当地劳动部门，以维护自己的合法权益。
积极主张权益：
- 如果员工认为自己的权益受到侵害，如新用人单位拒绝合并计算工作年限或拒绝支付经济补偿等，员工应积极主张自己的权益，可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
综上所述，代理转直营过程中，如果涉及到员工用工主体的变更且非员工本人原因导致，那么员工的工作年限及经济补偿应当合并计算。员工应了解相关法律法规，保留相关证据，及时咨询专业人士，并积极主张自己的权益。