对于餐馆食品原料仓库存放有毒有害物质的情况，其定性处罚主要依据《食品安全法》的相关规定进行。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确“有毒有害物质”在这个语境中的含义。它通常指的是那些对人体健康有害，且不应出现在食品或食品原料中的物质，如农药残留超标、兽药残留超标、生物毒素超标等。
接下来，我们分析餐馆的行为性质：
采购行为：如果餐馆采购了含有有毒有害物质的食品原料，那么这一行为本身就可能构成违法。因为餐馆作为食品经营者，有义务确保所采购的食品原料符合食品安全标准。
加工销售行为：如果餐馆将含有有毒有害物质的食品原料加工成菜品并出售给消费者，那么这一行为无疑构成了经营不符合食品安全标准的食品。此时，应依据《食品安全法》第一百二十四条第一款第一项的规定进行处罚，因为餐馆违反了《食品安全法》第三十四条第二项关于禁止经营不符合食品安全标准的食品的规定。
存放行为：即使餐馆没有将含有有毒有害物质的食品原料加工成菜品出售，仅仅是在仓库中存放，也可能构成违法。因为存放有毒有害物质的食品原料本身就对食品安全构成了潜在威胁。此时，如果餐馆能够证明这些原料并未用于加工销售，或者加工销售的菜品经检验符合食品安全标准，那么可以依据《食品安全法》第一百二十五条的规定进行处罚，即认定为使用不符合食品安全标准的食品原料。
然而，在实际执法过程中，还需要考虑餐馆的具体情况，如是否存在故意或过失、是否有免责事由等。如果餐馆能够证明其尽到了合理的注意义务，且没有故意或过失地采购、存放或使用含有有毒有害物质的食品原料，那么可能依据《食品安全法》第一百三十六条的规定免于处罚，但不合格原料及成品仍需被没收。
综上所述，对于餐馆食品原料仓库存放有毒有害物质的情况，其定性处罚应综合考虑餐馆的行为性质、具体情况以及相关法律法规的规定。在具体执法过程中，应确保处罚的公正性、合理性和合法性。