休年假通常不应扣全勤，但具体是否扣除需依据公司规章制度及法律规定来判断。以下从多个角度为你详细分析：

法律规定与年休假性质

根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，这意味着休年假属于劳动者的正常出勤，用人单位应支付全额工资。因此，从法律层面讲，休年假不应被视为缺勤，进而扣除全勤奖。

全勤的定义与年休假的关系

全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度。因此，不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。

公司规章制度的影响

尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。因此，员工应查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。

规章制度的合法性判断

如果公司规章制度中规定休年假扣全勤，我们需要从以下几个方面判断其合法性：

1. 经过合法程序制定：公司规章制度必须经过民主程序讨论、公示或告知劳动者，才能对劳动者产生约束力。如果规章制度未经合法程序制定，那么其中的规定可能无效。
2. 内容不违反法律法规的强制性规定：公司规章制度中的内容不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。如果规章制度中的规定与法律法规相冲突，那么该规定无效。
3. 合理性考量：即使公司规章制度经过合法程序制定，且内容不违反法律法规，但如果规定明显不合理，损害了劳动者的合法权益，也可能被认定为无效。例如，将休年假视为缺勤并扣除全勤奖的规定，可能因不合理而被认定为无效。

实际操作建议

1. 了解公司规章制度：员工应首先了解公司关于年休假和全勤的具体规定，明确自己的权益和义务。
2. 与公司沟通协商：如果公司规章制度中规定休年假扣全勤，且你认为该规定不合理或违法，可以与公司沟通协商，要求公司按照法律规定和合理制度执行。
3. 寻求法律援助：如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤。因此，用人单位通常不应因员工休年假而扣除全勤奖。但具体执行需结合公司规章制度及法律规定来判断。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。