当公司申请破产时，员工的赔偿问题是一个重要且需要细致处理的环节。根据《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工的合法权益应得到充分保障，赔偿主要包括经济补偿、工资支付、社会保险费用补缴以及其他法定补偿。以下是对这些赔偿方面的详细解答：
一、经济补偿金
计算标准：
- 经济补偿金按员工在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若月工资高于当地职工月平均工资三倍的，则按三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
二、工资支付
应支付范围：
- 公司应支付员工应得的全部工资，这包括基本工资、奖金、津贴等，计算至企业破产宣告之日。
- 在破产财产分配中，所欠职工的工资具有优先清偿的地位，确保员工的基本生活需求。
三、社会保险费用
补缴义务：
- 公司有义务补缴欠缴的社会保险费用，包括基本养老保险、基本医疗保险等，以保障员工的社会保障权益不受影响。
- 这部分费用也会在破产财产分配中得到优先处理。
四、其他法定补偿
工伤补偿：
- 对于工伤员工，公司应按照工伤相关规定支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金等。
其他补偿：
- 如因公司破产导致员工解除劳动合同的，还可能涉及其他法定补偿项目，如未休年假补偿、加班费等。
五、赔偿流程
- 员工申报：员工需要关注破产管理人发布的通知，按照要求申报自己的工资、经济补偿等权益。
- 管理人审核：破产管理人会对员工申报的权益进行审核，核实工作年限、工资标准等信息。
- 公示与异议处理：管理人将审核结果公示，员工如有异议可以提出，管理人应进行复查并处理。
- 清偿方案：一旦破产财产分配方案确定并经债权人会议通过及人民法院裁定认可，员工的相关权益将按方案进行清偿。
- 协商与投诉：在赔偿过程中，员工可以尝试与公司协商，或向当地劳动监察部门投诉以寻求帮助。
- 仲裁与诉讼：若协商和投诉无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，必要时可提起诉讼以维护自身权益。
注意事项
- 企业应及时通知员工破产事宜，并制定员工安置方案，包括工资结算、经济补偿等，以减少破产对员工的影响。
- 员工应了解自身权利，积极参与赔偿流程，必要时寻求法律救济以维护自身权益。
综上所述，公司申请破产时，员工的赔偿问题涉及多个方面，需严格按照法律法规执行。员工应关注破产管理人的通知，及时申报自己的权益，并积极参与赔偿流程，以确保自身合法权益得到全面、有效的保障。