公司有罚款制度是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、一般情况下的违法性
法律依据缺失：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。公司并不属于行政机关，因此无权直接对员工进行罚款。
- 《劳动合同法》等相关法律也明确规定，用人单位不得对劳动者进行罚款。这意味着，如果公司规章制度中直接规定了罚款条款，且没有法律依据，那么这些条款很可能是无效的。
实践中的无效性：
- 在实践中，一些公司可能会在规章制度中规定对员工的罚款条款，如迟到一次罚款50元等。然而，这些条款如果没有法律依据，将可能会被认定为无效。员工有权拒绝执行这些无效的罚款规定。
二、特殊情况下的合理性与合法性
因员工自身过错给公司造成经济损失：
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 实例说明：如某员工违规操作导致机器损坏，给公司造成了经济损失，公司可以依据上述规定要求员工赔偿，并从其工资中按规定扣除相应金额。这种情况下，公司的行为是合法的，因为它是在追究员工的经济损失赔偿责任，而不是直接进行罚款。
公司与员工有明确约定：
- 前提条件：这种约定必须是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，并且不能违反法律法规的强制性规定。
- 实例说明：如劳动合同中约定，员工泄露公司商业秘密需支付违约金5万元。若员工违反该约定，公司可依据合同要求员工支付违约金。这种情况下，公司的行为也是合法的，因为它是在依据劳动合同的约定追究员工的违约责任。
三、公司应如何合法处理员工违规行为
建立合法合理的规章制度：
- 公司应建立合法且合理的内部规章制度或企业奖惩制度，对员工的违规行为进行处罚，如警告、记过、降级、撤职等。这些处罚措施不能侵犯员工的合法权益，且应经过民主程序制定并已向员工公示。
通过合法途径追究经济损失赔偿责任：
- 若员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同的约定或相关法律法规要求员工赔偿。赔偿应以实际损失为限，并从员工本人的工资中扣除，且每次扣减的金额不应超过当月工资总额的20%。扣除后剩余工资不得低于当地政府制定的月最低工资标准。
四、员工权益保护
投诉与调解：
- 如果公司违法对员工进行罚款或采取其他不当处罚措施，员工有权向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。同时，员工也可以尝试与用人单位协商解决，或通过企业劳动争议调解委员会、人社部门申请调解。
劳动仲裁与诉讼：
- 员工在面临公司的不当处罚时，还可以向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。对仲裁结果不满意时，员工可以进一步提起诉讼，以法律手段维护自己的权益。
总结与建议：
- 公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是违法的，除非有明确的法律依据或劳动合同约定。
- 公司应建立合法合理的规章制度，并通过合法途径追究员工的经济损失赔偿责任或违约责任。
- 员工应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时及时维权。
如果您对公司罚款制度或员工权益保护方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。