结论前置：夜班工作12小时，在未经特殊工时制度批准的情况下，是违反《中华人民共和国劳动法》的。不过，具体是否违法还需根据工作性质、是否经过审批以及是否支付了加班费等因素综合判断。
一、一般情形下的法律规定
法定工作时间：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条也明确，职工每日工作8小时，每周工作40小时。
- 若用人单位安排劳动者每天工作十二个小时，且未经过合法的审批程序和相应的调休、补偿措施，则违反了上述法律规定。
加班限制：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 安排劳动者上12小时夜班，显然超出了这一加班时长限制，属于违法行为。
二、特殊情形下的合法性分析
综合计算工时工作制：
- 对于部分因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业的企业，经劳动行政部门批准，可实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，某企业经批准以年为周期，只要全年工作时间总和不超过法定标准（约2000小时），旺季安排每天工作12小时就不违法。但需注意，超出部分需按规定支付加班费。
不定时工作制：
- 对于高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准时间衡量的职工，经劳动行政部门审批，可实行不定时工作制。
- 不定时工作制下，工作时间不受每日8小时、每周40小时的限制，因此安排12小时工作制也不违法。但同样需确保劳动者的休息权和健康权。
加班情形下的合法性：
- 若用人单位遵循法定程序，与工会和劳动者协商一致，并支付相应加班费，则劳动者一天工作12小时（含不超过3小时的加班）在特定情况下可能合法。但这种情况较为特殊，且需严格遵守法律规定的加班时长和加班费支付标准。
三、加班费的支付规定
- 根据《劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 即使符合加班条件，用人单位也必须按规定支付加班费。若未支付，则构成违法行为。
四、劳动者的权益保护与法律救济途径
- 权益保护：劳动者有权拒绝违法加班安排，并要求用人单位提供必要的劳动保护用品和健康检查。
- 法律救济途径：
- 与用人单位协商解决；
- 向当地劳动监察部门投诉；
- 申请劳动仲裁；
- 必要时可向法院提起诉讼。
五、具体建议
- 了解自身权益：劳动者应了解自己的工作时间、加班费支付等权益，确保不被用人单位侵犯。
- 保留证据：若用人单位存在违法行为，劳动者应保留相关证据（如工作记录、加班通知、工资条等），以便后续维权。
- 及时维权：若发现用人单位存在违法行为，劳动者应及时采取法律手段维护自己的合法权益。
综上所述，夜班工作12小时在未经特殊工时制度批准的情况下是违法的。劳动者应当了解自己的权益，并在必要时采取法律手段来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。