迟到一小时扣多少钱合法并没有固定的标准答案，具体扣款金额需由用人单位依法在其规章制度中合理设定，且扣款后工资不得低于法定标准。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性基础与制定规则的条件
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权制定内部规章制度，包括对员工迟到等行为的处罚措施。但这些规章制度的制定必须遵循合法程序，内容需合理且不得违反法律法规。
合法制定规则的条件：
- 程序合法：规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 内容合法合理：扣款数额应合理设定，不能畸高，不能以迟到为由过度克扣劳动者工资。例如，不能规定迟到一小时就扣除全天工资，这样的规定显然是不合理的。
- 公示或告知：规章制度应公示或告知劳动者，确保员工知晓相关规定。这可以通过内部公告、员工手册、电子邮件等方式进行。
二、扣款金额的具体规定与限制
合理设定扣款金额：
- 用人单位可以根据员工的迟到时长、工资水平等因素，合理设定扣款金额。但扣款总额不得超过当月工资的20%，且扣款后工资不得低于当地最低工资标准。这是为了保护劳动者的基本生活需求，防止用人单位通过过度扣款来侵害劳动者的权益。
避免过度扣款：
- 无论员工迟到多久，扣款金额都不得突破上述法律限制。例如，如果员工当月工资为5000元，那么扣款总额不得超过1000元（即5000元的20%），且扣款后工资不得低于当地最低工资标准。否则，扣款行为将被视为不合法，员工有权提出异议并维护自己的合法权益。
三、实际操作建议与权益保障
明确规章制度：
- 用人单位应在规章制度中明确规定迟到扣款的具体标准和程序，并确保已向员工公示和告知。这样可以让员工清楚了解迟到的后果，从而减少迟到现象的发生。
合法合规操作：
- 在执行扣款时，用人单位应严格遵守法律法规和规章制度的规定，确保扣款行为的合法性和合理性。例如，不能随意更改扣款标准或程序，不能对同一员工进行重复扣款等。
沟通与管理：
- 为了减少员工迟到现象，用人单位应加强沟通、优化管理，提高员工的工作积极性和出勤率。例如，可以通过设置弹性工作时间、提供必要的交通补贴、改善工作环境等方式来激励员工按时到岗。
权益保障：
- 如果员工认为用人单位的扣款规定不合法或不合理，可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据来证明用人单位的扣款行为不合法或不合理。
举例说明：
假设某员工当月工资为4000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工迟到一小时，用人单位根据规章制度规定扣除100元工资。由于100元未超过当月工资的20%（即800元），且扣款后工资（3900元）高于当地最低工资标准（2000元），因此这样的扣款行为是合法的。
总结与建议：
迟到一小时扣多少钱合法并没有固定的标准答案，而是需要用人单位在遵循法律法规的基础上，结合实际情况合理设定。同时，用人单位也应加强内部管理，确保扣款行为的合法性和员工的合法权益得到保障。如果你对用人单位的扣款规定有疑问或认为不合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。