确实存在公司以员工严重违反公司规章制度为由开除员工，但最终被判赔偿的案例。这类案例通常涉及公司规章制度的合法性、合理性以及开除程序的正当性等多个方面。以下从几个角度为你详细分析：
一、公司规章制度合法性、合理性角度
规章制度内容违法：
- 如果公司的规章制度内容违反了法律法规的强制性规定，比如规定员工必须加班且不支付加班费，或者对员工进行非法搜身等，那么这样的规章制度是无效的。公司依据这样的规章制度开除员工，就可能构成违法解除劳动合同，需要支付赔偿金。
- 案例参考：某公司规定员工迟到一次即扣除当月全部奖金，该规定因过于严苛且缺乏合理性，被法院认定为无效。公司因此开除迟到员工后，被判支付赔偿金。
规章制度制定程序不合法：
- 规章制度的制定必须经过民主程序，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司未履行这一程序，规章制度可能被认定为无效。
- 案例参考：某公司未经过民主程序制定规章制度，直接依据该制度开除员工。员工提起劳动仲裁后，仲裁机构认定规章制度无效，公司因此被判支付赔偿金。
二、开除程序正当性角度
未提前告知员工：
- 公司在开除员工前，应当事先将理由通知工会（如果公司有工会的话）。如果公司未履行这一程序，可能构成违法解除劳动合同。
- 案例参考：某公司未提前告知工会即开除员工，员工提起劳动仲裁后，仲裁机构认定公司开除程序不合法，公司因此被判支付赔偿金。
未给予员工申辩机会：
- 公司在开除员工前，应当给予员工申辩的机会，听取员工的意见。如果公司未给予员工申辩机会，直接开除员工，也可能构成违法解除劳动合同。
- 案例参考：某公司未听取员工申辩即开除员工，员工提起诉讼后，法院认定公司开除程序不合法，判决公司支付赔偿金。
三、证据充分性角度
- 公司无法证明员工严重违反规章制度：
- 公司在开除员工时，需要承担举证责任，证明员工确实严重违反了公司的规章制度。如果公司无法提供充分的证据支持其主张，就可能承担败诉的风险。
- 案例参考：某公司开除员工时仅提供了一份员工签字的违纪确认书，但员工在仲裁时否认签字真实性且公司无法提供其他证据佐证。仲裁机构因此认定公司无法证明员工严重违反规章制度，判决公司支付赔偿金。
法律建议
对于公司：
- 制定合法、合理的规章制度，并确保制定程序合法。
- 在开除员工前，确保开除程序正当，包括提前告知工会、给予员工申辩机会等。
- 保留充分的证据证明员工严重违反规章制度，以便在劳动仲裁或诉讼中支持自己的主张。
对于员工：
- 如果公司以严重违反规章制度为由开除你，你可以要求公司出示相关规章制度和证据。
- 如果认为公司的开除行为违法或不合理，你可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
在处理这类劳动纠纷时，建议双方都咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。