结论概述
申请刑事国家赔偿的程序主要包括确定赔偿义务机关、提出赔偿申请、赔偿义务机关处理、复议程序（如适用）以及人民法院赔偿委员会决定程序。申请期限一般为两年，自赔偿请求人知道或应当知道其权益被侵害之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计入此期限内。
详细解答
一、申请刑事国家赔偿的程序
确定赔偿义务机关
- 赔偿义务机关是指因行使侦查、检察、审判等刑事职权而侵犯公民合法权益，需承担赔偿责任的机关。这通常包括作出拘留、逮捕决定的机关，以及再审、二审中涉及的相关人民法院。
提出赔偿申请
- 申请材料：赔偿请求人需向赔偿义务机关提交书面申请书，载明受害人的基本情况、具体要求、事实根据和理由，以及申请的时间。如书写困难，可委托他人代书或口头申请，由赔偿义务机关记入笔录。
- 申请方式：赔偿请求人可以直接向赔偿义务机关提出赔偿申请，也可以通过邮寄、电子邮件等方式提交申请。
赔偿义务机关处理
- 审查与受理：赔偿义务机关应在收到申请后5日内进行审查，决定是否受理。符合受理条件的，应立案并通知赔偿请求人；不符合的，应书面说明不予受理的理由。
- 作出决定：赔偿义务机关应在收到申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定。决定赔偿的，应制作赔偿决定书并送达赔偿请求人；决定不予赔偿的，也应书面通知并说明理由。在此过程中，双方可就赔偿方式、项目和数额进行协商。
复议程序（部分案件适用）
- 若赔偿请求人对赔偿义务机关的决定不服，或赔偿义务机关逾期未作决定，赔偿请求人可在期限届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。复议机关应在收到申请之日起两个月内作出复议决定。
人民法院赔偿委员会决定程序
- 若赔偿请求人对复议决定仍不服，或复议机关逾期不作决定，赔偿请求人可在收到复议决定书或期限届满之日起30日内，向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿委员会由3至7名审判人员组成，应自立案之日起3个月内作出终局决定，该决定一经作出即产生法律效力，必须履行。
二、申请刑事国家赔偿的期限
一般申请期限
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。但被羁押等限制人身自由期间不计入此期限内。
- 示例说明：假设某公民在2022年1月1日被错误拘留，并在2022年6月1日被释放。若该公民在释放后才知道其权益被侵害，那么其申请国家赔偿的期限应从2022年6月1日起计算两年，即至2024年5月31日止。
时效中止与终止
- 在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
- 特殊情况说明：虽然法律未直接规定五年为申请国家赔偿的绝对期限，但长期不行使权利可能导致法律上的不利后果，如证据灭失、证人记忆模糊等。因此，建议赔偿请求人尽快在合理期限内提出赔偿请求。
三、综合建议
- 及时申请：鉴于刑事案件国家赔偿申请期限的复杂性，建议赔偿请求人在知道或应当知道其权益被侵害后，尽快向赔偿义务机关提出赔偿申请，以免错过申请时机。
- 保留证据：在申请赔偿过程中，赔偿请求人应保留好相关证据，如拘留通知书、逮捕通知书、释放证明等，以便在申请赔偿时提供有力支持。
- 关注进展：赔偿请求人应密切关注赔偿义务机关的处理进展，如逾期未作决定或对决定不服，应及时申请复议或向人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
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