停工整改期间擅自施工的，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚：

   • 依据：根据《中华人民共和国安全生产法》《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，若施工单位在停工整改期间未经批准擅自施工，监管部门有权责令立即停止施工，并处以罚款。
   • 罚款标准：罚款金额通常根据违法情节的严重程度、擅自施工的规模及可能造成的危害后果等因素综合确定。例如，依据《安全生产法》第九十九条，可能处以五万元以上十万元以下的罚款；若情节特别严重，罚款金额可能更高。
   • 其他措施：监管部门还可能采取暂扣或吊销安全生产许可证、责令停业整顿等措施，以强化监管效果。

2. 刑事责任：

   • 情形：若擅自施工行为导致重大安全事故，如人员伤亡或重大财产损失，相关责任人可能构成《中华人民共和国刑法》中的“重大责任事故罪”或“工程重大安全事故罪”。
   • 后果：根据犯罪情节的严重程度，责任人可能面临三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，可能处三年以上七年以下有期徒刑。

3. 其他后果：

   • 信用记录：擅自施工行为可能被纳入企业或个人的信用记录，影响未来参与政府投资项目或招投标活动的资格。
   • 民事赔偿：若擅自施工行为造成第三方损害，施工单位还需承担相应的民事赔偿责任。

建议：若您或您的企业面临停工整改要求，务必严格遵守监管部门的指令，待整改完成并经复查合格后再恢复施工。如有任何疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询，我将为您提供专业、详细的解答。