在处理双方营运车辆事故中互相产生的停运损失问题时，我们首先要明确的是，这类损失主要由责任方来承担，具体可能是保险公司或侵权人，这需要根据事故责任、保险合同约定以及相关法律规定来综合判断。
一、责任判定与赔偿依据
保险公司赔偿：
- 交强险：虽然交强险主要保障受害人得到及时有效赔偿，且条款中未明确提及停运损失等间接损失，但部分法院会根据实际情况，判决交强险在责任限额范围内对停运损失进行一定赔偿。
- 商业三者险：这取决于保险合同的具体约定。如果合同中明确排除了停运损失等间接损失的赔偿，并且保险公司已经尽到了提示和明确说明义务，那么保险公司通常不承担赔偿责任。反之，如果合同中没有此约定或保险公司未履行相关义务，则保险公司可能需要承担赔偿责任。
侵权人赔偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果保险公司不承担停运损失赔偿责任，那么这部分损失应由侵权人承担。这是基于行为人因过错侵害他人民事权益应承担侵权责任的原则。
双方都有过错的情况：
- 如果事故双方均有过错，那么停运损失的分担应根据各自过错比例来确定。这通常依据交警部门出具的事故责任认定书来划分。
二、停运损失的计算方法
停运损失的计算应综合考虑实际减少的收入与固定成本，可以采用以下公式进行计算：
停运损失 = 净营运收入 × 停运时间 + 固定成本 × 停运时间
- 净营运收入：这是基于事故发生前车辆的平均每日或每月营运收入，扣除变动成本（如燃油费、驾驶员工资等）后得出的。为了证明这一点，需要收集运营台账、银行流水、票务记录等证据。
- 固定成本：包括折旧费、保险费、年检费、车船税等不随运营状态变化的费用，这些费用应分摊到每日或每月进行计算。
- 停运时间：主要以维修时间为准，依据维修厂出具的维修工单、记录等证据确定。同时，也包括等待交警处理、事故责任认定、保险公司定损等其他合理时间。
三、实际操作建议
证据收集：
- 为了成功索赔停运损失，必须提供充分的证据证明损失的存在和具体数额。这包括但不限于道路运输经营许可证、车辆营运证、驾驶员从业资格证、事故认定书、收入流水凭证、事故维修单等。
协商与诉讼：
- 在处理停运损失问题时，建议首先与保险公司或侵权人进行协商，明确赔偿范围、金额及支付方式。如果协商无果，可以及时通过诉讼或调解等方式来维护自身权益。
专业咨询：
- 由于停运损失的计算和赔偿涉及多个法律知识点和复杂的实际情况，建议在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保护。
综上所述，双方营运车辆事故中互相产生的停运损失问题需要根据具体情况综合考虑责任判定、赔偿依据以及计算方法等多个方面。通过准确计算损失金额、明确赔偿责任并确保赔偿方式的合理性，我们可以有效保障受损方的合法权益。