关于农民工保证金的缴纳问题，这是一个涉及法律法规及实际操作的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

农民工保证金主要由施工方缴纳。这一规定是基于相关法律法规及政策要求，旨在保障农民工的工资权益，防止拖欠现象的发生，并确保建设项目的顺利推进。施工方作为农民工的直接管理方，负有保障其合法权益的重要责任，因此被明确为农民工保证金的缴纳主体。

具体缴纳与监管规定如下：

1. 缴纳比例与方式：

   • 农民工保证金的缴纳比例因地区而异，具体数目由当地政府根据实际情况决定。
   • 工资保证金实行差异化存储办法，对未发生工资拖欠的单位，可能会实行减免措施；而对发生拖欠的单位，则可能会适当提高存储比例。
   • 此外，工资保证金还可以用金融机构保函替代，为施工方提供更加灵活的缴纳方式。

2. 监管机制：

   • 建设工程项目审批行政部门负责通知并监督建设单位（即甲方）按照工程合同价款的相应比例，向银行专户存储农民工保证金。
   • 这一机制确保了保证金的专款专用，防止资金被挪用，从而有效保障了农民工的工资权益。

3. 退还流程：

   • 工程交工后，建设单位需在施工现场公示竣工日期、工资结算结果等信息，公示时间不少于15个工作日。
   • 若确认无拖欠情况，银行将保证金本金及活期利息一次性退还给缴费单位（即施工方）。

关于甲乙双方的协商空间：

尽管法规规定了施工方的缴纳义务，但在实际操作中，甲方（业主或出资人）与施工方可以通过合同协议，就保证金的缴纳责权进行协商。然而，这种协商必须遵循保障农民工工资权益的基本原则，且施工方仍为法定的缴纳责任主体。这意味着，即使双方有协商，也不能改变施工方作为缴纳主体的法律地位。

法律意义与实际应用：

农民工保证金的缴纳制度为农民工提供了法律上的保障，确保他们在付出劳动后能够按时足额获得工资报酬。同时，该制度也促使施工方规范用工行为，减少工资拖欠现象的发生，从而维护了建筑市场的秩序和稳定。此外，通过保障农民工的合法权益，该制度还有助于构建和谐的劳动关系和社会关系，减少因工资拖欠而引发的社会矛盾。

综上所述，农民工保证金制度是一项重要的法律保障措施，主要由施工方缴纳并接受监管。这一制度不仅保障了农民工的合法权益，还促进了建筑市场的健康发展和社会和谐稳定。希望以上解答能够对您有所帮助。