使用权转让协议的合法性取决于多个因素，包括合同主体、意思表示、内容合法性和形式要求等，具体分析如下：
一、合法情形
主体适格且意思表示真实：
- 双方当事人必须具有相应的民事行为能力，如自然人需年满18周岁且精神正常，法人需具备合法的经营资格和缔约能力。
- 合同签订必须基于双方真实自愿的意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。例如，在房屋使用权转让中，转让方不得故意隐瞒房屋的重大问题（如即将拆迁、存在产权纠纷等）以误导受让方。
内容合法合规：
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。例如，转让的使用权必须是合法取得的，且合同中约定的权利义务需符合法律规定。在房屋使用权转让中，需确保转让方拥有合法的房屋使用权，且转让行为不违反相关法律法规。
形式符合要求：
- 如果法律规定该类合同需要采用书面形式或其他特定形式，那么合同应满足相应形式要求。例如，房屋租赁合同期限超过6个月的，应当采用书面形式。对于店铺使用权转让合同，也建议采用书面形式签订，以明确双方的权利义务，减少潜在的纠纷。
取得相关权利人同意：
- 在涉及租赁关系的使用权转让中，如房屋租赁或店铺租赁，必须事先获得出租人的同意才能进行转租。未经出租人同意擅自转租的，出租人有权解除与承租人的租赁合同，进而可能导致转让合同无效。例如，在店铺使用权转让中，根据《中华人民共和国民法典》第七百一十六条的规定，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。
二、不合法情形
违反合同约定：
- 当原合同（如租赁合同）明确禁止转让使用权时，擅自进行转让的行为不合法。例如，如果租赁合同中明确规定承租人不得转租房屋，那么承租人擅自转租的行为将构成违约，出租人有权追究其违约责任。
未经相关权利人同意：
- 在未获得相关权利人（如房屋产权人或出租人）同意的情况下，擅自转让使用权的行为无效。例如，在房屋使用权转让中，如果转让方未获得房屋产权人的书面同意就擅自转让房屋使用权，那么该转让行为将无效，产权人有权要求受让人搬离房屋。
法律法规禁止转让：
- 对于某些特殊性质的使用权，法律法规可能明确禁止其转让。例如，对于保障性住房中的廉租房，法律法规明确禁止其使用权转让。若承租人违反规定进行转让，转让行为无效，还可能面临收回房屋、罚款等处罚。
三、特殊注意事项
转租期限限制：
- 在涉及租赁关系的使用权转让中，转租期限不得超过承租人剩余的租赁期限。超出部分的约定对出租人不具有法律约束力，除非出租人与承租人有另外约定。例如，在店铺使用权转让中，根据《中华人民共和国民法典》第七百一十七条的规定，转租期限超过承租人剩余租赁期限的，超过部分的约定对出租人不具有法律约束力。
合法使用权证明：
- 转让方必须确保自己拥有合法的使用权证明。例如，在房屋使用权转让中，转让方应提供房屋产权证或租赁合同等证明文件，以证明其拥有合法的房屋使用权。
相关登记备案：
- 某些地区可能对使用权转让有特定的管理要求，如办理相关备案手续。合同中应明确办理这些手续的责任方，并确保按规定履行义务，以免影响合同的履行和效力。
四、建议
- 仔细审查合同条款：在签订使用权转让协议前，务必仔细审查合同条款，确保合同内容合法合规且符合双方真实意愿。
- 咨询专业意见：如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见。
- 保留相关证据：在签订和履行合同过程中，务必保留好相关证据（如合同文本、付款凭证、沟通记录等），以便在发生纠纷时维护自身权益。
综上所述，使用权转让协议的合法性取决于多个因素。在签订和履行合同过程中，务必遵守相关法律法规和合同约定，以确保合同的合法性和有效性。