在处理“事实不清、证据不足”的案件时，法院会根据不同的诉讼类型遵循相应的法律原则，并作出合理的判决。以下是对各类诉讼中相关处理方式的详细分析：
1. 刑事案件
侦查阶段：
- 若公安机关发现案件事实不清、证据不足，且犯罪嫌疑人不应追究刑事责任，应撤销案件，释放犯罪嫌疑人，并通知原批准逮捕的人民检察院。
- 举例：比如，在某起盗窃案中，公安机关经过侦查，发现证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪，且没有新的证据线索，此时公安机关应撤销案件，释放犯罪嫌疑人。
审查起诉阶段：
- 人民检察院对于需要补充侦查的案件，可退回公安机关或自行侦查，补充侦查以二次为限。若二次补充侦查后仍认为证据不足，不符合起诉条件，应作出不起诉决定。
- 举例：在某起故意伤害案中，人民检察院认为证据不足，退回公安机关补充侦查。公安机关补充侦查后，人民检察院仍认为证据不足，此时应作出不起诉决定。
审判阶段：
- 法院在审判过程中，若证据不足，不能认定被告人有罪，应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
- 举例：在某起贪污案中，法院经过审理，认为证据不足以证明被告人有罪，因此判决被告人无罪。
2. 民事案件
原告举证不足：
- 若原告无法提供充分证据证明其主张，法院可能驳回原告的诉讼请求。
- 举例：在某起民间借贷纠纷中，原告仅凭借条但无法证明款项已实际交付，法院可能不会支持其还款诉求。
被告举证不足：
- 若被告提出反驳或抗辩但无足够证据支持，法院可能不采纳其观点，进而支持原告合理的诉求。
- 举例：在某起合同纠纷中，被告主张合同无效但无法提供充分证据，法院可能不采纳其观点，支持原告要求继续履行合同的诉求。
其他处理方式：
- 法院认为案件事实不清、证据不足，也可能根据具体情况决定不予受理、驳回起诉或要求当事人补充证据。
- 举例：在某起侵权纠纷中，法院认为原告提供的证据不足以证明侵权事实，因此要求原告补充证据，否则将驳回起诉。
3. 行政案件
被告举证不足：
- 若行政机关无法提供充分证据证明其行政行为的合法性，法院将判决行政机关败诉，并可能撤销或部分撤销行政行为，要求被告重新作出行政行为。
- 举例：在某起行政处罚案件中，行政机关无法提供充分证据证明原告有违法行为，法院判决撤销行政处罚决定。
原告举证部分情形：
- 在特定情况下，如起诉被告不履行法定职责的案件，原告也需承担举证责任。若原告举证不足，可能承担不利的判决结果。
- 举例：在某起要求行政机关履行职责的案件中，原告无法提供充分证据证明其曾向行政机关提出申请，法院可能驳回其诉讼请求。
综合建议
对于当事人：
- 在提起诉讼前，应尽可能收集充分的证据以支持自己的主张。
- 若证据不足，可考虑在诉讼过程中申请法院调查取证或补充证据。
- 若一审判决不利，可在上诉期内提起上诉或申请再审。
对于法院：
- 在处理“事实不清、证据不足”的案件时，应严格遵循法律规定和程序原则。
- 法院应全面、客观地审核证据，并依据法律规定和法官职业道德作出独立判断。
面对“事实不清、证据不足”的情况，当事人应积极采取措施收集证据，并充分利用法律提供的救济途径来维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。