关于公司按照最低标准缴纳公积金是否合法的问题，这主要取决于具体的缴存基数和缴存比例是否符合相关法律法规的规定。
首先，根据《住房公积金管理条例》以及建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理的相关指导意见，单位应当按时、足额缴存住房公积金，且单位和职工的缴存比例不应低于5%，原则上不高于12%。这意味着，如果公司按照最低比例5%来缴纳公积金，在比例上是符合规定的。
然而，关键在于缴存基数的确定。缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍（具体标准由各地根据实际情况确定）。如果公司按照最低工资标准作为缴存基数，而这一标准远低于当地统计部门公布的上一年度职工月平均工资的合理倍数，那么这种做法可能就不符合规定。因为公积金的缴存基数应当反映职工的实际工资水平，以确保公积金制度的公平性和有效性。
如果职工发现公司按照最低标准缴纳公积金，且认为这一标准不符合规定，可以采取以下措施：
与单位核实缴存情况：首先，职工可以与单位的人力资源部门或财务部门核实公积金的缴存基数和比例，了解单位的具体做法和依据。
反映问题并要求补缴：如果职工认为单位的缴存标准不符合规定，可以向单位反映问题，并要求单位按照规定的缴存基数和比例进行补缴。
向住房公积金管理中心投诉：如果单位逾期不缴或少缴住房公积金，职工可以向当地的住房公积金管理中心投诉。住房公积金管理中心将责令单位限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。
了解并维护自身权益：职工还可以了解当地关于公积金缴存的具体规定和政策，以便更好地维护自身的合法权益。
综上所述，公司按照最低标准缴纳公积金是否合法，取决于具体的缴存基数和缴存比例是否符合相关法律法规的规定。如果职工对此有疑问或认为单位存在违规行为，建议及时与单位沟通并向相关部门投诉以维护自身权益。