公积金按最低工资标准缴纳是否合法，这个问题其实取决于员工的实际工资水平与当地规定的公积金最低缴存基数之间的关系。下面我为您详细解释一下：
首先，根据《住房公积金管理条例》的相关规定，职工住房公积金的月缴存额应该基于职工本人上一年度月平均工资来确定，同时这个缴存基数不得低于职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的60%，也不得高于该城市上一年度职工月平均工资的3倍。这是公积金缴存的基本原则。
那么，在这个原则下，我们来看两种情况：
合法情形：如果员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。比如，当地最低缴存基数是2000元，而某员工的月工资也是2000元或者更低，那么单位按2000元为基数缴纳公积金就是合法的。
不合法情形：但是，如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，而单位却仍然按最低标准缴纳，这就违反了《住房公积金管理条例》的规定。比如，员工上一年度的月平均工资是8000元，但单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳公积金，这种做法就是不合法的。
对于员工来说，住房公积金是一项重要的福利，它对于解决住房问题、提高生活质量具有重要意义。因此，公司应该按照员工的实际工资水平合理确定缴存基数，以充分保障员工的权益。如果员工发现自己的公积金缴存基数不符合规定，可以先与单位沟通协商，要求调整缴存基数；如果协商不成，可以向当地住房公积金管理中心投诉举报，由管理中心责令单位限期改正；逾期不改的，单位还可能面临罚款等法律责任。
综上所述，公积金按最低工资标准缴纳的合法性取决于员工的实际工资水平与当地最低缴存基数的关系。公司应遵守相关法律法规，合理确定缴存基数，以保障员工的合法权益。