结论：实际经营者和法人谁承担责任，需根据具体情况综合判断，可能由法人、实际经营者单独承担，也可能由两者共同承担。这主要取决于违法行为的性质、合同签署方式、内部协议及外部法律规定等多个因素。
一、民事责任方面
合同责任：
- 若合同是以法人名义签订的，且符合生效要件，法人作为合同主体应承担责任，包括履行合同义务和承担违约责任。即使实际经营者与法人不一致，也不影响法人作为合同主体的地位。
- 若实际经营者以自己名义签订合同，且合同相对方明知其并非法人代表，那么责任应由实际经营者个人承担。
侵权责任：
- 法人工作人员（包括实际经营者履行职务时）造成他人损害的，由法人承担侵权责任。法人承担责任后，可以向有过错的工作人员追偿。
- 若实际经营者的个人行为导致损害，那么责任应由其个人承担。
二、行政责任方面
- 对于法人的行政违法行为，通常由法人承担行政责任。但若实际经营者故意实施违法行为，且该行为可明确归责于个人，那么实际经营者也可能被单独追究行政责任。
- 在特定行业（如食品药品行业），由于产品质量问题可能涉及公共安全，法人和实际经营者都可能因违法行为而被追究行政责任。
三、刑事责任方面
单位犯罪：
- 若单位犯罪，除对单位判处罚金外，还可能对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。实际经营者若属于此类人员，则需承担刑事责任。
个人犯罪：
- 若实际经营者实施的犯罪行为完全是其个人行为，与法人无关，那么由实际经营者个人承担刑事责任。
四、共同承担责任的情形
- 根据相关法律规定，当营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，两者可作为共同诉讼人。这意味着在法律纠纷中，他们可能被视为共同的责任主体。
- 实际经营者因其直接参与公司运营，对公司的经营活动负有直接责任。法人作为对外公示的法律责任主体，也应承担相应的法律责任，特别是当法定代表人未履行职责时。
五、内部协议与外部责任的关系
- 尽管登记经营者和实际经营者之间可能存在内部协议，但这类协议一般不能对抗外部债权人。在对外关系上，登记的经营者仍需承担相应法律责任。之后，登记的经营者可以根据内部协议向实际经营者追偿。
六、实际经营者的认定标准
- 控制权标准：拥有对公司的财务、人事及业务控制权。
- 决策权标准：在公司中具有重大事项决策权。
- 利益标准：与公司存在直接利益关系，经营行为直接影响公司盈亏。
建议：为避免潜在的法律纠纷，建议在经营活动中明确法人和实际经营者的权责关系，并确保遵守相关法律法规。若遇到具体法律问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。