工程交保证金在符合法律规定和双方自愿协商的前提下是合法的，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
合法情形
投标保证金：
- 目的：保护招标人免受投标人不当行为导致的损失，确保投标的严肃性和中标后合同的履行。
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》，招标人有权在招标文件中要求投标人提交投标保证金，且保证金金额不得超过招标项目估算价的2%。
- 管理要求：投标保证金需按照法律法规规定的程序进行收取、管理和退还。例如，在招标结束后，未中标的投标人的保证金应及时退还。
履约保证金：
- 目的：确保承包方按合同约定履行义务，如按时完成工程、保证工程质量等。
- 合法性：履约保证金需在合同条款中事先约定，并遵循相关法律法规。例如，双方可以在合同中明确约定履约保证金的金额、支付方式、退还条件等。
质量保证金：
- 目的：根据《建设工程质量保证金管理办法》，发包人与承包人可在合同中约定质量保证金，用于保证承包人在缺陷责任期内对工程出现的缺陷进行维修。
- 金额限制：质量保证金通常为工程价款结算总额的3%左右，具体比例可根据合同约定和实际情况调整。
农民工工资保证金：
- 目的：保障农民工工资支付，防止拖欠，维护农民工的合法权益。
- 合法性：依据相关政策法规设立，用于特定情况下的工资支付保障。例如，一些地区要求建设单位在开工前缴纳一定比例的农民工工资保证金。
不合法情形
缺乏明确合同约定或法律依据：
- 若发包方未在招标文件或合同中事先说明需要缴纳保证金，或在施工过程中突然提出此要求，承包方有权拒绝，因为这种要求缺乏法律依据。
收取高额保证金：
- 如保证金金额远超法律法规规定的比例上限，如投标保证金超过招标项目估算价的2%，则此类高额收取行为可能构成不合法。高额保证金可能增加承包方的经济负担，甚至影响其正常经营。
违规挪用保证金：
- 发包方收取保证金后，必须按约定用途使用，如挪作他用，将侵犯承包方权益，构成违法行为。例如，将投标保证金用于其他项目或个人消费等。
未及时退还保证金：
- 在合同履行完毕且无质量问题后，发包方应及时退还保证金。若无故拖延或拒不退还，同样构成不合法行为。未及时退还保证金可能影响承包方的资金周转和正常经营。
应对措施与建议
- 加强沟通：承包方在面对保证金要求时，应与发包方充分沟通，确保其合法性并明确约定相关条款。例如，可以要求发包方提供收取保证金的法律依据或合同条款依据。
- 审查合同：在签订合同时，应仔细审查保证金条款，确保其符合法律法规要求。如发现不合理或违法的条款，应及时提出异议并协商修改。
- 保留证据：在缴纳保证金时，应要求发包方出具正规的收据或发票，并妥善保管相关证据。以便在发生纠纷时作为维权依据。
- 寻求帮助：如对保证金收取存在疑问或认为其不合法，承包方可向建设行政主管部门等相关监管部门咨询或举报，也可通过法律途径维护自身权益。
总结来说，工程交保证金是否合法需根据具体情况判断。在符合法律规定和双方自愿协商的前提下，交纳保证金是合法的；但若存在不合规情形，如缺乏明确约定、收取金额过高、违规挪用或未及时退还等，则可能构成不合法行为。承包方在面对保证金要求时，应谨慎处理并依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。