针对您提出的“虚开100万普通发票会怎么处理”这一问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：
一、虚开普通发票的法律性质
虚开普通发票是一种严重的违法行为，它违反了《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也破坏了市场的公平竞争环境。
二、行政处罚措施
根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条的规定，对于虚开发票的行为，税务机关将采取以下行政处罚措施：
没收违法所得：税务机关将依法没收因虚开发票而获得的全部违法所得。
罚款：由于您提到的虚开金额为100万，这明显超过了1万元的界限，因此税务机关将并处5万元以上50万元以下的罚款。具体罚款数额会根据虚开发票的金额、情节等因素综合确定。
三、刑事处罚措施
虚开普通发票的行为，在情节严重的情况下，还可能构成犯罪，面临刑事处罚。
立案标准：根据《最高人民检察院 公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的相关规定，虚开发票金额累计在四十万元以上的，即应予立案追诉。您提到的虚开金额为100万，显然达到了这一标准。
量刑标准：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定，虚开普通发票，情节严重的，将面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚。如果情节特别严重，如虚开金额巨大或有其他特别严重情节，将面临二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的刑事处罚。
四、其他相关注意事项
单位犯罪：如果虚开发票的行为是由单位实施的，那么单位也将面临判处罚金的处罚，同时对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依照前款规定处罚。
与虚开发票相关的其他违法行为：除了虚开发票本身外，与虚开发票相关的其他违法行为，如转借、转让、介绍他人转让发票等，也将受到税务机关的严厉打击和处罚。
五、建议与警示
鉴于虚开普通发票的严重后果，我强烈建议您严格遵守税收法律法规，诚信纳税，避免触犯法律红线。如果您已经涉及虚开普通发票的行为，我建议您积极配合税务机关的调查，主动补缴税款、滞纳金，并寻求专业律师的帮助以维护自身合法权益。
综上所述，虚开100万普通发票将面临严格的行政处罚和可能的刑事处罚。因此，务必增强法律意识，遵守税法规定，共同维护良好的税收秩序。