虚开普通发票900万元属于情节严重的违法行为，可能涉及行政处罚和刑事责任，具体处理方式需结合案件细节综合判断。以下从行政责任、刑事责任、处理流程三个角度展开分析：

一、行政责任：税务机关的处罚措施

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票（包括普通发票）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。

• 本案中：虚开金额达900万元，远超1万元标准，税务机关将依法处以50万元罚款，并没收违法所得（如已获取的非法利益）。
  
• 补充说明：若企业存在多次虚开、拒不整改等情节，税务机关可能进一步采取限制发票领用、降低纳税信用等级等措施。

二、刑事责任：是否构成犯罪及量刑标准

根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪的立案标准为虚开发票金额累计在40万元以上，或虚开发票100份以上且票面金额在20万元以上。本案中900万元已远超立案标准，可能面临以下刑事处罚：

1. 基本刑：处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；
   
2. 情节特别严重：若存在以下情形（如为逃避税款虚开、造成国家税款损失等），可能处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
   
   • 虚开发票金额巨大（如超过500万元）；
     
   • 多次虚开或组织、指挥虚开；
     
   • 造成国家税款重大损失或严重社会影响。
     

关键点：刑事责任需以“故意”为前提，若行为人因疏忽或被欺骗参与虚开，可能不构成犯罪，但需提供充分证据（如合同、沟通记录等）证明无主观故意。

三、处理流程：从立案到判决的关键步骤

1. 税务稽查：税务机关发现虚开线索后，将立案调查，查实后作出行政处罚决定（如罚款、没收违法所得）；
   
2. 移送公安机关：若涉嫌犯罪（如金额超40万元），税务机关将案件移送公安机关刑事立案；
   
3. 刑事侦查与起诉：公安机关侦查终结后，移送检察院审查起诉，检察院决定是否提起公诉；
   
4. 法院审判：法院根据证据认定是否构成犯罪及量刑，行为人可委托律师辩护（如主张无罪、从轻情节等）。
   

建议：若您或您代表的企业涉及此类案件，立即停止虚开行为，并主动配合税务、司法机关调查，同时委托专业律师梳理证据（如交易真实性、资金流向等），争取从轻处理（如自首、立功、退赃等情节可能减轻处罚）。

如有进一步细节（如虚开目的、是否已造成税款损失等），可直接向我咨询，我将结合具体案情提供针对性分析。