结论：入编多年后查出学历断层，是否会被辞退不能一概而论，需结合具体情况分析，包括单位规章制度、学历断层对工作的影响程度、是否存在欺诈行为等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、单位规章制度层面
规章制度内容：
- 如果单位在规章制度中明确规定了学历要求，并且明确指出学历造假或学历断层属于严重违反规章制度的行为，那么单位有权依据规章制度解除劳动合同。
- 反之，如果单位规章制度中未对学历断层作出明确规定，或者规定较为模糊，那么单位直接辞退员工的依据可能不足。
规章制度制定程序：
- 即使单位规章制度中有相关规定，也需要确保该规章制度是依法制定的，即经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示或告知了员工。
- 如果规章制度制定程序不合法，那么其中的相关规定可能无法作为辞退员工的依据。
二、学历断层对工作的影响程度
工作相关性：
- 如果学历断层与员工当前从事的工作内容无直接关联，且员工在工作中表现优秀，那么单位可能更倾向于保留该员工。
- 如果学历断层直接影响到员工的工作能力或工作表现，且员工无法通过其他方式弥补这一缺陷，那么单位可能会考虑辞退员工。
单位利益考量：
- 单位在决定是否辞退员工时，还会综合考虑员工的整体表现、单位利益以及辞退员工可能带来的法律风险等因素。
三、是否存在欺诈行为
入职时是否隐瞒：
- 如果员工在入职时故意隐瞒学历断层的情况，且该情况对单位决定录用员工具有重要影响，那么单位可能认为员工存在欺诈行为，从而有权解除劳动合同。
- 如果员工在入职时并未隐瞒学历断层，或者单位在录用时并未对学历进行严格审查，那么单位直接以学历断层为由辞退员工可能缺乏合理性。
欺诈行为的认定：
- 欺诈行为的认定需要满足一定的条件，如员工故意告知虚假情况或隐瞒真实情况、单位因此作出错误意思表示等。
四、法律建议
对于员工：
- 如果担心学历断层问题，可以主动与单位沟通，说明情况并寻求解决方案。
- 如果单位因此提出辞退，可以要求单位出具书面辞退通知，并咨询专业律师了解自己的权益和可能的救济途径。
对于单位：
- 在决定辞退员工前，应仔细审查单位规章制度、员工入职材料以及工作表现等相关证据。
- 确保辞退决定有充分的法律依据和事实支持，以避免可能的法律风险。
总结：入编多年后查出学历断层是否会被辞退，需根据单位规章制度、学历断层对工作的影响程度以及是否存在欺诈行为等因素综合判断。如果你或你所在的单位面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。