员工在年休假期间，其工资及大部分福利是不应被扣除的，这是由相关法律法规所明确保障的。以下是对这一问题的详细分析：
一、年休假期间的工资待遇
基本工资与绩效工资：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，这包括基本工资、岗位工资以及绩效工资等固定和常规性的工资组成部分。例如，若员工的基本工资为5000元，平均绩效工资为2000元，则在年休假期间，单位应全额支付这7000元，不得因休假而扣减。
奖金与补贴：
- 除了基本工资外，各类奖金（如年终奖、项目奖金）以及补贴（如交通补贴、餐饮补贴、通讯补贴）等，在年休假期间也应得到正常支付。这些是职工基于劳动关系而非出勤情况所获得的收入，因此不应因休假而受到影响。
二、年休假期间的其他福利
节日福利：
- 与出勤不直接挂钩的福利，如节日礼品、生日福利等，单位不应因职工休年休假而扣除。这些福利是基于职工与单位的劳动关系而发放的，与出勤天数无关。
特定津贴：
- 需要注意的是，某些特定性质的津贴，如中夜班津贴、保健津贴等，可能因职工在年休假期间未实际提供相应服务或工作条件而无法享受。但这并不属于普遍意义上的“扣钱”，而是由于津贴的特定性质所决定的。
三、特殊情况与维权途径
全勤奖等与出勤直接关联的福利：
- 如果某些福利明确与出勤天数直接关联，如全勤奖，那么职工在年休假期间可能无法获得这部分福利。因为年休假不属于正常出勤状态，单位在这种情况下扣除全勤奖通常是合理的。但即便如此，单位也应明确告知职工相关福利的扣除规则，避免产生不必要的纠纷。
违规扣钱的维权途径：
- 如果员工发现自己的工资或福利在休年假期间被不当扣除，他们有权向单位询问原因，并要求得到合理的解释和补偿。若单位不能给出满意的答复或拒绝纠正错误，员工可以通过申请劳动仲裁或者提起诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
四、法律建议
- 了解自身权益：员工应充分了解自己的年休假权益以及相关的工资福利待遇，确保在休假期间能够享受到应有的待遇。
- 保留证据：在发现工资或福利被扣除时，员工应及时保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在维权时提供有力支持。
- 积极沟通：在发现问题时，员工应首先尝试与单位进行沟通协商，寻求妥善解决。若协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，员工在年休假期间的工资及大部分福利是不应被扣除的。如果单位违反相关规定，员工有权采取相应措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。