如果质疑后供应商被取消中标资格，代理费一般是要退还的。以下是具体的分析：

在招投标过程中，如果供应商因为某些原因被取消中标资格，那么与之相关的代理费问题就需要根据具体情况来判定。通常来说，代理费是供应商为了获得代理服务而支付给代理机构的费用。如果供应商最终未能中标，或者中标后被取消资格，那么代理机构理应退还相应的代理费。

1. 合同约定情况：

   • 如果双方在代理合同中明确约定了在中标被取消时代理费的退还条款，那么应当按照合同约定执行。
   • 如果合同中没有明确约定，但根据行业惯例或者公平原则，代理机构在未能提供有效服务的情况下，应当退还代理费。

2. 代理机构责任：

   • 如果供应商被取消中标资格是由于代理机构的过错导致的，比如代理机构未按照招标要求提交正确的资料、未及时传达重要信息等，那么代理机构不仅应当退还代理费，还应当承担相应的赔偿责任。

3. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况。比如，如果供应商在中标后被取消资格是因为其自身存在严重违约行为或者违法行为，那么代理机构可能会根据合同约定或者法律规定，有权不退还代理费。

综上所述，质疑后供应商被取消中标资格时，代理费一般是要退还的。但具体退还情况还需要根据双方的合同约定、行业惯例以及实际情况来判定。如果供应商与代理机构之间就此产生争议，建议双方首先进行友好协商；协商不成时，可以寻求法律途径解决。如果你在这方面有进一步的问题或者需要法律帮助，可以直接向我咨询。