在居间业务中，居间税费的承担方并非固定由甲方或乙方承担，而是取决于双方的合同约定以及相关法律法规的规定。不过，从实务操作和风险防控的角度，不建议让甲方代扣代缴居间费。以下是对这一问题的详细分析：
一、合同约定的优先性
自主约定：在居间合同中，双方可以自主约定居间税费的承担方式。如果合同中明确约定了由甲方代缴居间税费，那么甲方就有义务按照约定进行代缴。反之，如果合同中约定由乙方自行承担税费，那么乙方就需要自行申报并缴纳相关税费。
明确条款：为了避免后续纠纷，建议在居间合同中明确约定税费的承担方式、支付时间、支付方式等具体条款。这样，一旦发生争议，双方可以依据合同条款进行协商或诉讼。
二、甲方代扣代缴的风险
税务处理复杂性：甲方作为非专业税务机构，可能对居间费涉及的税收政策了解不透彻，导致税费计算错误或申报不规范。这可能会给居间人带来补缴税款、滞纳金甚至税务处罚的风险。
合规性风险：个税的缴纳应遵循国家税收法律法规，由纳税人自行申报并缴纳。甲方擅自代扣代缴可能涉嫌违法操作，无法为居间人提供合法的税务凭证，甚至可能使双方卷入税务纠纷。
居间人利益受损：甲方有可能以代扣税费为名，截留部分居间费。或者，即使甲方代扣了税费，但未按照实际数额进行申报，居间人仍面临涉税风险，次年进行个人综合所得税汇算清缴时还可能存在补交税款的情况。
三、乙方自行申报纳税的优势
确保合规性：居间人自行申报纳税可以确保按照正确的税率和流程进行申报，避免税务处理复杂性和合规性风险。
保障权益：自行申报纳税后，居间人可以直接获取完税凭证，作为履行纳税义务的重要证明。这有助于保障居间人的合法权益，避免后续纠纷。
合理税务筹划：居间人可以咨询专业的税务顾问，了解居间费纳税的相关规定和注意事项，进行合理的税务筹划以降低税负压力。
四、实务建议
明确合同约定：在与甲方签订居间合同时，应明确约定居间费的支付方式、税费承担方式等具体条款。避免使用模糊或歧义的表述，以确保双方权益得到保障。
自行申报纳税：除非合同中有明确约定且双方均同意由甲方代扣代缴税费，否则建议居间人自行到税务机关申报缴纳居间费相关税费。
咨询专业税务顾问：由于税收政策较为复杂，居间人可以咨询专业的税务顾问，了解居间费纳税的相关规定和注意事项，确保纳税行为合法合规。
保留完税证明：无论甲方是否代扣代缴个税，居间人都应要求提供完税证明以确保自己的收入合法且明确。若甲方无法提供，居间人应及时自行申报并保留好相关凭证。
总结来说，虽然居间税费的承担方可以由双方自主约定，但从实务操作和风险防控的角度，不建议让甲方代扣代缴居间费。居间人应自行申报纳税，并在合同中明确税费承担方式，以确保自身权益和税务合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。