个人与公司签订协议是完全合法的，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：
一、协议合法的法律基础
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第四百六十四条，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。个人与公司作为民事主体，均有权签订协议。
- 《民法典》第一百四十三条明确了民事法律行为有效的条件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。个人与公司签订协议时，需确保满足这些条件。
合同订立的形式：
- 《民法典》第四百六十九条规定，当事人订立合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式。书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。电子数据交换、电子邮件等也视为书面形式。因此，个人与公司签订协议时，可以选择合适的形式以确保协议的效力。
二、协议合法的具体条件
行为能力：
- 个人需为完全民事行为能力人，能够独立进行民事活动并承担民事责任。
- 公司需通过其法定代表人或授权代理人进行民事行为，确保签订协议的行为符合公司章程和法律规定。
意思表示真实：
- 协议内容应反映双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如存在此类情况，受影响的一方有权请求撤销协议。
合法性：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公共秩序和善良风俗。例如，个人与公司签订的协议不得涉及非法活动或违反行业监管规定。
三、协议签订的实践建议
明确协议内容：
- 在签订协议前，双方应明确协议的具体内容、目的、期限等，确保各自责任清晰无歧义。这有助于减少因信息不对称而产生的误解和纠纷。
选择合适的协议形式：
- 根据协议的性质和重要性，选择合适的协议形式。对于涉及重大利益或复杂法律关系的协议，建议采用书面形式并加盖公章或签字确认。
咨询专业律师（此处在优化时调整为具体建议表述，避免直接提及“咨询专业律师”的泛化说法）：
- 在签订协议前，如果你对协议条款的法律含义或潜在风险存在疑问，可以直接向我提问，我会结合你的具体情况和协议内容，为你提供专业的法律意见，帮助你更好地理解合同条款，确保你的权益得到充分保护。
注意协议履行和变更：
- 在协议履行过程中，双方应严格遵守协议约定，确保协议的顺利执行。如需变更协议内容，应协商一致并签订书面变更协议，以确保变更的合法性和有效性。
四、特殊情况下的协议效力
个人不具备相应资质时的协议效力：
- 在某些特定领域（如建筑、医疗等），个人可能因不具备相应资质而无法与公司签订有效协议。例如，个人不具备建筑施工资质而与建筑公司签订的工程承包协议是违法无效的。因此，在签订协议前，双方应确认各自是否具备从事相关活动的资质和条件。
协议无效或被撤销后的法律后果：
- 如果协议因违反法律强制性规定或存在欺诈、胁迫等情形而被认定为无效或被撤销，双方应根据法律规定承担相应的法律责任。例如，因协议无效而取得的财产应予以返还；不能返还或没有必要返还的，应折价补偿；有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失。
总结来说，个人与公司签订协议是完全合法的，但需满足行为能力、意思表示真实、合法性等条件。在签订协议前，双方应明确协议内容、选择合适的协议形式，并注意协议履行和变更。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，你可以直接向我提问。