农村自建房交保证金是否合法需分情况讨论，关键在于保证金性质、收取主体及程序是否符合法律规定。具体分析如下：

1. 若保证金为“施工安全保证金”或“质量保证金”，且由村委会或乡镇政府依法收取
   根据《村民委员会组织法》及地方性法规，村委会为维护集体利益或公共安全，可经村民会议讨论决定后，对自建房施工收取合理保证金（如防止违规加层、破坏耕地等）。但需满足：

   • 收取主体合法（村委会需有明确授权，政府收取需有地方性法规依据）；
     
   • 金额合理（不得超过必要限度，通常为工程款的5%-10%）；
     
   • 程序透明（需公示收取标准、用途及退还条件）；
     
   • 专款专用（用于施工安全监管或质量修复，不得挪作他用）。
     若符合上述条件，则合法；否则可能涉嫌乱收费，可向乡镇政府或县级农业农村部门投诉。

2. 若保证金为“审批押金”或“违规处罚保证金”，且无明确法律依据
   部分地区要求村民在申请建房时缴纳“审批押金”，承诺不违规建设后退还，或直接以“保证金”名义处罚违规行为。此类做法可能涉嫌违法：

   • 审批环节：根据《土地管理法》，建房审批是行政许可行为，行政机关不得以“押金”形式变相收费；
     
   • 处罚环节：对违规建房的处罚应依据《行政处罚法》进行，如罚款、拆除等，不得通过“保证金”形式规避法定程序。
     若遇到此类情况，村民可拒绝缴纳并向上级政府或纪委监委举报。

3. 若保证金为“施工方要求业主缴纳的履约保证金”
   若村民与施工方签订承包合同，施工方为确保合同履行（如按时付款、不随意变更设计等）要求业主缴纳保证金，属于民事合同范畴。此时需审查：

   • 合同是否明确约定保证金条款（金额、退还条件等）；
     
   • 保证金是否超过合同总价的20%（超过部分可能不受法律保护）；
     
   • 施工方是否出具正规收据并专款专用。
     若合同合法且条款合理，则有效；否则可要求施工方返还或通过诉讼解决。

建议：

• 缴纳前要求收取方出具书面文件，明确保证金性质、金额、用途及退还条件；
  
• 保留缴费凭证，如转账记录、收据等；
  
• 若对合法性存疑，可直接向我咨询，我会结合具体地区法规和案例为您分析。