关于员工迟到扣工资的问题，这确实是一个需要细致且合法处理的事项。首先，要明确的是，员工迟到扣工资的计算方式并不是随意设定的，而是需要遵循用人单位的合法规章制度以及劳动合同中的相关约定，同时确保这种扣除方式既合理又合法，不会低于当地的最低工资标准，也不会过分损害劳动者的权益。

一、合法合理的扣罚方式

1. 按固定金额扣罚：

   • 如果公司的规章制度里明确规定了迟到一次要扣固定金额，比如20元，那么扣罚的金额就是迟到次数乘以这个固定金额。比如，员工一个月迟到了3次，那扣罚的金额就是60元。但这种方式有个前提，就是规章制度得经过民主程序制定，而且扣罚的金额得合理，不能影响员工的基本生活。

2. 按工资比例扣罚：

   • 另一种方式是根据员工的日工资来按比例扣罚。日工资的计算方法是月工资总额除以月计薪天数，通常是21.75天。比如，员工月工资是5000元，那日工资大约是229.89元。如果规定迟到一次扣日工资的10%，那迟到一次就要扣23元，一个月迟到2次就是46元。

3. 按迟到时间比例计算：

   • 还可以根据迟到的时间来按比例扣罚。比如，迟到时间占用的时间乘以每小时工资数再乘以一定比例，如10%。如果每小时工资是20元，迟到10分钟，那就扣除工资0.33元。但这种方式也要确保扣除后的工资不低于当地的最低工资标准，而且扣除的比例要合理。

二、规章制度的合法性要求

• 民主程序制定：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，比如迟到扣工资的规定，应该经过职工代表大会或者全体职工的讨论，和工会或者职工代表平等协商确定。
• 合理性审查：扣罚的金额不能过高，不能严重影响员工的基本生活或者损害其合法权益。如果员工觉得扣罚不合理，他们有权要求纠正，并且用人单位应该足额支付工资。

三、法律限制与实践注意事项

• 法律依据：虽然《中华人民共和国劳动法》等法律法规允许用人单位依法制定内部规章制度，但并没有明确规定迟到扣工资的具体标准。
• 最低工资保障：扣除迟到工资后，员工实际得到的工资不能低于当地的最低工资标准。
• 扣除上限：每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后剩余的工资低于最低工资标准，那就应该按照最低工资标准来支付。
• 规章制度明确性：用人单位应该在规章制度里清晰规定迟到扣工资的计算方式和标准，并且确保员工充分理解。
• 沟通与协商：用人单位应该和员工就迟到扣工资的问题进行充分的沟通和协商，寻求合理的解决方案。

总的来说，员工迟到扣工资的计算方式需要结合用人单位的规章制度和劳动合同的约定，并且要确保这种扣除方式的合理性和合法性。在实际操作中，用人单位应该遵循相关法律法规的限制和要求，保障员工的合法权益不受侵害。如果员工对扣罚有异议，他们有权提出质疑，并且可以通过沟通协商或者法律途径来维护自己的权益。