关于小作坊饲料加工是否合法的问题，这主要取决于多个因素，包括加工方式、使用的原料以及是否遵守了相关的法律法规。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，饲料加工并非完全禁止小作坊进行，但必须严格遵守国家的相关法律法规。特别是《饲料和饲料添加剂管理条例》，这是规范饲料生产、经营和使用行为的重要法规。

一、加工方式的合法性

1. 禁止拆包、分装：

   • 根据《饲料和饲料添加剂管理条例》第二十三条第二款的规定，饲料、饲料添加剂经营者不得对饲料、饲料添加剂进行拆包、分装，也不得进行再加工或者添加任何物质。这意味着，如果小作坊仅仅是对已有的饲料进行拆包、分装或再加工，那么这种行为是违法的。

2. 合法加工方式：

   • 如果小作坊希望合法进行饲料加工，那么它必须拥有自己的生产配方和工艺，并且确保这些配方和工艺符合国家的安全标准和环保要求。同时，加工过程中不得使用禁止的物质，如饲料原料目录和饲料添加剂品种目录以外的任何物质。

二、原料使用的合法性

1. 使用目录内原料：

   • 根据《饲料和饲料添加剂管理条例》的规定，禁止使用国务院农业行政主管部门公布的饲料原料目录、饲料添加剂品种目录以外的任何物质生产饲料。因此，小作坊在加工饲料时，必须确保所使用的原料均属于这两个目录规定的品种，并符合目录特征描述的要求。

2. 办理相关证件：

   • 对于目录中规定的需要办理生产许可证或进口登记证的单一饲料产品，小作坊必须确保已经取得了相应的证件，否则不得作为饲料原料生产、经营和使用。

三、合规经营的建议

1. 了解并遵守法规：

   • 小作坊在加工饲料前，应详细了解并遵守《饲料和饲料添加剂管理条例》以及其他相关法律法规的规定，确保自己的经营行为合法合规。

2. 建立质量管理体系：

   • 小作坊应建立完善的质量管理体系，包括原料采购、生产加工、产品检验等各个环节，确保饲料的质量和安全。

3. 接受监管和检查：

   • 小作坊应积极配合相关部门的监管和检查工作，如实提供相关资料和信息，确保自己的经营行为符合国家的法律法规要求。

总结来说，小作坊饲料加工并非完全非法，但必须严格遵守国家的相关法律法规和标准要求。如果小作坊希望合法进行饲料加工，那么它必须拥有自己的生产配方和工艺，使用目录内的原料，并办理相关的证件。同时，小作坊还应建立完善的质量管理体系，并积极配合相关部门的监管和检查工作。