在农用地上违法建房，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门（如原国土资源部门）和乡镇人民政府共同管理。以下是具体分析：

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 主要职责：该部门负责对违反土地管理法律法规的违建行为进行查处，特别是非法占用农用地建房的行为。农用地是受到严格保护的土地资源，未经批准擅自改变其用途进行建房，属于违法行为。
   • 具体措施：一旦发现此类违建，自然资源主管部门有权立案调查，并责令违法者停止建设、限期拆除违法建筑，恢复土地原状。例如，某村民在耕地上未经审批建造厂房或住宅，就可能面临自然资源部门的处罚。

2. 乡镇人民政府

   • 主要职责：乡镇人民政府在乡村规划区内对违建行使查处权。这包括未取得乡村建设规划许可证或未按许可进行建设的行为。在农用地上违法建房，往往也涉及到乡村规划的问题。
   • 具体措施：乡镇人民政府在发现违建后，会及时制止并向上级部门报告。在部分地区，根据相关授权，乡镇人民政府还可以直接查处部分符合条件的农村违建，并组织实施拆除等工作。

其他协同部门及注意事项：

• 农业农村部门：虽然农业农村部门主要负责农村宅基地的管理，但在某些情况下，如果违建行为涉及到宅基地的非法占用或违规使用，农业农村部门也会参与处理。
• 举报与咨询：如果您发现农用地上有违法建房的行为，可以向县级以上人民政府自然资源主管部门或乡镇人民政府进行举报。这些部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施。
• 法律后果：违法在农用地上建房，不仅可能面临拆除的风险，还可能受到罚款等行政处罚。如果情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。

建议：

• 在进行任何建设活动之前，务必了解并遵守相关的土地管理和乡村规划法律法规，确保建设活动的合法性。
• 如果您对农用地的使用或建设活动有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。