结论：违反公司制度罚款是否合法不能一概而论，需分情况讨论。具体分析如下：

1. 公司无罚款权的情况
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。若公司制度中直接规定“迟到罚款XX元”“旷工罚款XX元”等，此类条款因违反法律强制性规定而无效，员工有权拒绝缴纳。若公司强行扣款，员工可通过劳动仲裁要求返还，并可主张公司支付未足额发放的工资。

2. 公司可合法扣减工资的情况
   若员工行为给公司造成实际经济损失（如因故意或重大过失损坏设备、泄露商业秘密等），公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，在员工工资中扣除赔偿费用，但需满足以下条件：

   • 扣除金额不得超过当月工资的20%；
     
   • 扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 公司需承担举证责任，证明损失与员工行为的因果关系及具体金额。
     例如：员工因操作失误导致机器损坏，维修费用为5000元，公司可要求员工赔偿，但每月扣款不得超过其工资的20%。

3. 公司制度合法性的前提
   即使公司以“绩效考核”“扣分折算”等名义变相罚款，仍需满足：

   • 制度内容不违反法律强制性规定（如不得以“未完成业绩罚款”为由克扣工资）；
     
   • 制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商）；
     
   • 制度需公示或告知员工（如通过培训、签字确认等方式）。
     若制度未履行上述程序，即使员工签字同意，也可能因程序违法而被认定无效。

建议：

• 若公司以“罚款”名义扣款，员工可要求公司出具书面依据，核对是否符合上述合法情形；
  
• 若公司扣款违法，员工可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张权益；
  
• 公司若需规范员工行为，建议通过调整绩效工资、设立奖金池等合法方式实现，避免直接罚款。
  

如有具体案例或制度条款需要分析，可进一步向我说明细节。