关于公司罚款制度是否违法的问题，这确实是一个涉及劳动法权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、公司罚款制度的一般违法性
在大多数情况下，公司直接对员工进行罚款是违法的。这是因为：
法律依据缺失：根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款作为行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律授权的组织行使。公司作为市场主体，并不具备这样的权力。
劳动法规定：《劳动合同法》等相关法律也明确规定，用人单位不得对劳动者进行罚款。这意味着，公司自行在规章制度中设定的罚款条款，如果没有法律依据，将被视为无效。
二、特殊情况下的合理性与合法性
尽管公司罚款制度在一般情况下是违法的，但在某些特定情况下，公司要求员工赔偿或支付违约金则具有一定合理性。这些情况主要包括：
员工自身过错造成经济损失：如果员工因故意或重大过失给公司造成了经济损失，公司可以依据《工资支付暂行规定》第十六条要求员工赔偿。但赔偿金额需从员工工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，同时确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
双方明确约定：如果公司与员工在劳动合同中明确约定了某些违规行为的处理方式，如泄露商业秘密需支付违约金等，且这些约定是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且不违反法律法规的强制性规定，那么这些约定是有效的。
三、公司应如何合法处理员工违规行为
为了避免违法罚款的风险，公司应采取以下合法方式处理员工违规行为：
约定赔偿：在劳动合同中明确约定员工未完成劳动定额或承包任务时的处理方式，包括要求员工赔偿因此造成的损失。但赔偿的扣除需严格遵守法律规定。
内部规章制度：建立合法且合理的内部规章制度或企业奖惩制度，对员工的违规行为进行处罚。这些处罚措施可以包括警告、记过、降级、撤职等，但必须确保不侵犯员工的合法权益。
四、员工权益保护
如果公司违法对员工进行罚款，员工有权采取以下措施维护自己的合法权益：
投诉与调解：向劳动监察部门投诉，或尝试与用人单位协商解决，或通过企业劳动争议调解委员会、人社部门申请调解。
劳动仲裁与诉讼：向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。对仲裁结果不满意时，可以进一步提起诉讼，以法律手段维护自己的权益。
综上所述，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是违法的。公司应通过合法、合理的方式管理员工，并在必要时采取约定的赔偿措施或内部规章制度来处理员工的违规行为。同时，员工也应了解自己的权益，并在面临不当处罚时及时采取措施维护自己的合法权益。