针对“违反建设工程验收程序该怎么处理”这一问题，以下是从法律角度和实际操作层面给出的详细解答：

一、明确问题性质与责任归属

首先，需要明确违反建设工程验收程序的具体性质，是程序上的轻微疏忽，还是故意规避验收标准、虚假验收等严重行为。同时，要确定责任归属，是施工方的责任，还是发包方、验收机构或相关政府部门的责任。

二、法律依据与处理措施

1. 轻微违反验收程序

• 法律依据：虽然具体法规可能未直接规定轻微违反验收程序的处理方式，但通常可依据合同法和建筑法的相关规定进行处理。
• 处理措施：
  • 整改与重新验收：要求责任方对违反程序的部分进行整改，并按照正确的验收程序重新组织验收。
  • 警告与罚款：相关部门可对责任方进行警告，并视情节轻重处以一定数额的罚款。
  • 合同违约处理：如违反验收程序构成合同违约，发包方或施工方可根据合同约定追究对方的违约责任。

2. 严重违反验收程序或虚假验收

• 法律依据：《建筑法》第七十九条和《建设工程质量管理条例》第七十六条均对虚假验收等严重行为作出了明确规定。
• 处理措施：
  • 责令改正与行政处分：由上级机关责令责任方改正错误，并对责任人员给予行政处分。
  • 刑事责任追究：如构成犯罪，依法追究刑事责任。
  • 赔偿责任：对因虚假验收等行为造成的经济损失，责任方需承担相应的赔偿责任。

三、实际操作建议

1. 加强沟通与协作：施工方、发包方及验收机构应保持密切沟通，共同确保验收程序的合规性与工程质量的达标。
2. 严格合同管理：在合同中明确验收程序、质量标准及违约责任等条款，为处理违反验收程序的问题提供法律依据。
3. 依法依规行事：各方在处理违反验收程序的问题时，应严格遵守法律法规和合同约定，维护自身合法权益的同时，也保障工程质量和社会公共利益。

综上所述，处理违反建设工程验收程序的问题需要综合考虑法律法规、合同约定及实际情况，采取系统而有效的措施。通过明确问题性质与责任归属、依据法律法规进行处理、加强沟通与协作以及依法依规行事，可以有效解决违反验收程序的问题，确保工程质量的达标与社会的和谐稳定。