针对您提出的“在职体检不合格公司会怎么处理”的问题，这主要涉及到用人单位在员工健康管理方面的责任和措施。以下是我根据相关法律法规和实务指南，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，用人单位有责任依法依规组织员工进行职业健康体检，并承担相应费用。这是预防职业病、保障员工健康的重要措施。体检项目通常包括法定职业健康检查项目，同时，用人单位还可以根据员工年龄、岗位特点，增加心脑血管疾病等慢性病筛查项目，特别是对40岁以上员工，应有针对性地开展心脑血管疾病风险评估。

当员工在职体检不合格时，用人单位应当及时告知本人体检结果，并根据具体情况合理安排工作岗位。这一做法的目的是确保员工能够在适合其健康状况的岗位上工作，避免因健康问题导致的工作效率下降或安全事故的发生。具体来说，如果员工的体检结果显示存在某些健康风险隐患，用人单位可能会考虑将其调整到相对轻松或对健康要求较低的岗位，或者提供必要的医疗建议和康复支持。

此外，用人单位还需要建立健全员工健康档案，动态跟踪员工健康状况。这有助于用人单位及时了解员工的健康变化，采取相应的预防措施，从而保障员工的长期健康。同时，这也是用人单位履行职业病防治责任的重要体现。

除了上述措施外，用人单位还应加强职业健康宣传和警示教育，提高员工自我健康管理意识和能力。这可以通过宣传栏、内部培训、网络平台等多种渠道进行，引导员工关注自身健康状况，养成健康的工作和生活方式。

最后，需要强调的是，用人单位在处理员工体检不合格问题时，应严格遵守相关法律法规和规章制度。如果用人单位未能依法履行职业病防治责任，或者对体检不合格的员工处理不当，可能会面临法律责任和声誉损失。

综上所述，当员工在职体检不合格时，用人单位应当及时告知本人、合理安排工作岗位、建立健全健康档案、加强职业健康宣传和警示教育，并严格遵守相关法律法规和规章制度。这些措施有助于保障员工的健康权益，促进用人单位的可持续发展。