针对医药行业员工体检不合格的情况，处理措施需要依据体检结果的具体情况和相关法律法规进行。以下是一些建议的处理步骤：

一、了解体检结果

首先，用人单位需要详细了解员工的体检结果，包括各项检查指标、异常项目及职业健康检查机构的建议等。这有助于用人单位准确判断员工的健康状况，并制定相应的处理措施。

二、分类处理

根据体检结果，用人单位可以对员工进行分类处理：

1. 目前未见异常：

   • 如果员工的各项检查指标均在正常范围内，用人单位可以继续安排其从事目前岗位工作。

2. 发现异常：

   • 如果检查时发现与目标疾病相关的单项或多项异常，用人单位应当按照职业健康检查机构要求的时间，安排员工复查和医学观察。

3. 疑似职业病：

   • 如果职业健康检查发现员工疑似职业病或可能患有职业病，用人单位需要按照职业健康检查机构的建议，安排其进行医学观察或者职业病诊断，并承担相关费用。在此期间，不得解除或终止与其订立的劳动合同。

4. 职业禁忌证：

   • 对于有职业禁忌的员工，用人单位应当将其调离或者暂时脱离原工作岗位，并不得安排其从事相关接触职业病危害因素的工作。

5. 其他疾病或异常：

   • 如果员工患有与目标疾病无关的其他疾病或某些检查指标异常，建议其到综合性医院进一步复查诊治。

三、遵循法律法规

在处理员工体检不合格的情况时，用人单位必须严格遵守相关法律法规，如《中华人民共和国职业病防治法》等。用人单位不得安排未经上岗前职业健康检查的劳动者从事接触职业病危害的作业；不得安排有职业禁忌的劳动者从事其所禁忌的作业；对在职业健康检查中发现有与所从事的职业相关的健康损害的劳动者，应当调离原工作岗位，并妥善安置。

四、关注员工健康

用人单位应关注员工的身体健康状况，为员工提供必要的健康支持和帮助。这包括提供健康咨询、安排复查、提供治疗建议等。同时，用人单位也应加强职业病防治的宣传和教育，提高员工的健康意识和自我防护能力。

综上所述，处理医药行业员工体检不合格的情况需要综合考虑体检结果、法律法规和员工健康等多个方面。用人单位应制定科学合理的处理措施，确保员工的身体健康和企业的正常运营。