结论前置：
详细分析：
一、主要执法主体及职责
根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这一规定明确了农业农村部门在宅基地违法行为查处中的主体地位。农业农村部门不仅负责农村宅基地改革和管理有关工作，还承担起草相关法律法规草案及政策、指导宅基地分配使用流转、纠纷仲裁管理以及违法用地查处等职责。在查处宅基地违法行为时，农业农村部门有权责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
举例说明：若某农村村民未经批准，擅自在其宅基地上扩建房屋，占用了部分耕地，这一行为即构成非法占用土地建住宅。此时，县级以上人民政府农业农村主管部门有权介入，责令该村民退还非法占用的土地，并限期拆除扩建的房屋。
二、协同管理部门及职责
自然资源主管部门：虽然农业农村部门是主要的执法主体，但自然资源主管部门也承担着重要的协同管理职责。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定，如责令退还非法占用的土地，限期拆除新建建筑物等。
乡（镇）人民政府：乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序起到重要作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，发现违法建设行为可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。乡（镇）政府凭借其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着不可替代的作用。
举例说明：若某农村村民在宅基地上违法建设，乡（镇）人民政府在日常巡查中发现后，可以立即责令其停止建设，并限期改正。若该村民逾期不改正，乡（镇）人民政府有权组织拆除违法建筑。
三、法律后果及建议
对于宅基地违法行为，若不及时查处和纠正，将可能导致土地资源的浪费、农村宅基地使用秩序的混乱以及农民合法权益的受损。因此，各相关部门应密切配合、协同作战，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。
建议：农村村民在建设住宅时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，未经批准不得擅自占用土地建住宅。若确实需要占用土地建住宅，应依法办理相关审批手续，确保建设行为的合法性和合规性。同时，各相关部门也应加强宣传教育力度，提高农民的法律意识和合规意识，共同营造和谐、有序的农村宅基地使用环境。
总结：宅基地违法行为的查处是一个涉及多个部门和环节的复杂过程。县级以上人民政府农业农村主管部门作为主要的执法主体，应切实履行好其职责；自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也应根据其职责范围，积极参与到宅基地违法行为的查处工作中来。若您在宅基地使用方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业、全面的法律解答。