明知是水库水淹地，私自种植涨水造成损失，一般由私自种植者自行负责赔偿。以下是对此结论的详细解释：
首先，我们要明确一点，水库水淹地通常属于水利管理部门的管辖范围，且往往会有相应的警示标志或通知，告知公众该区域可能存在的水淹风险。如果个人明知这一风险，却仍然私自在此地种植作物，那么当涨水导致损失时，责任主要应由该个人承担。
风险自担原则：
- 私自种植者明知水库水淹地的风险，却仍然选择在此种植，这实际上是一种风险自担的行为。当风险实现，即涨水导致损失时，除非有特别的法律规定或合同约定，否则损失应由私自种植者自行承担。
水利管理部门的责任：
- 水利管理部门负责水利设施的管理和维护，确保水利设施的正常运行。如果水利管理部门已经尽到了相应的管理职责，比如设置了警示标志、发布了水淹预警等，那么当涨水导致损失时，水利管理部门通常不需要承担赔偿责任。
特殊情况下的责任判定：
- 当然，也存在一些特殊情况。比如，如果水利管理部门存在明显的管理过失，如未及时发布水淹预警、未妥善维护水利设施等，导致涨水造成了不必要的损失，那么水利管理部门可能需要承担一定的赔偿责任。但这种情况需要具体案件具体分析，并通过法律程序进行判定。
综上所述，明知是水库水淹地却私自种植，当涨水导致损失时，一般由私自种植者自行负责赔偿。这也提醒我们，在面对潜在的风险时，应该做出理性的选择，避免不必要的损失。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。