农民自己留种子一般不违法，但需分情况讨论。以下从不同角度为你详细分析：

一、常规农作物种子留存情况

对于常规的农作物种子，农民在自家土地上种植后，收获的种子用于自己下一季的种植，这属于传统的农业生产方式，是农民长期以来享有的权利，不构成违法。这是基于农业生产的基本需求和农民的合理权益保障。例如，农民种植普通的水稻、小麦等作物，收获后留存部分种子用于来年播种，这是非常普遍且合理的做法，法律上并没有禁止。

二、受知识产权保护的种子留存情况

如果种子属于受知识产权保护（如植物新品种权）的品种，情况则有所不同。根据《中华人民共和国种子法》以及相关知识产权法律法规的规定，未经品种权人许可，农民不得为商业目的生产或者销售该品种的繁殖材料，也不得重复使用以商业销售为目的而生产的该品种的受保护收获材料。不过，法律也给予了农民一定的豁免，即农民自繁自用授权品种的繁殖材料用于农业生产的，可以不经品种权人许可，不向其支付使用费，但不得侵犯品种权人的其他权利。这里的“自繁自用”应理解为农民在自己承包的土地上，为了满足自身农业生产需要而进行的种子留存和使用，不包括将种子出售给他人或者用于大规模的商业种植。

三、特殊情况下的种子留存

如果种子属于国家禁止种植或者限制种植的品种，那么农民留存和使用这些种子就可能面临法律风险。例如，某些转基因作物种子，由于其可能对生态环境和人体健康产生潜在影响，国家对其种植和使用有严格的限制。如果农民未经许可留存和使用这类种子，就可能违反相关法律法规，面临行政处罚甚至刑事责任。

法律建议

1. 了解种子性质：农民在留存种子前，应了解所种植作物的种子是否属于受知识产权保护的品种或者国家禁止、限制种植的品种。可以通过咨询当地农业部门、种子管理机构或者专业的农业技术人员来获取相关信息。
2. 遵守法律法规：如果种子属于受知识产权保护的品种，农民在留存和使用时应遵守相关法律法规的规定，确保自己的行为不侵犯品种权人的权益。如果需要进行商业种植或者销售，应事先获得品种权人的许可。
3. 保留证据：农民在留存和使用种子时，应保留好相关的证据，如种植记录、种子来源证明等，以便在发生纠纷时能够证明自己的行为是合法的。

如果你在种子留存和使用过程中遇到任何法律问题或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。