超过追诉时效的案件，一般不再追诉，但存在例外情形。具体处理方式如下：
- 一般原则：超过追诉时效不再追诉
根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过下列期限不再追诉：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
核心逻辑：追诉时效是法律对犯罪行为追责的时间限制，超过期限后，国家原则上丧失追诉权，这是为了平衡法律秩序稳定与犯罪惩治的必要性。
- 例外情形：超过时效仍可追诉
根据《刑法》第八十八条，以下两种情况不受追诉时效限制：
- 司法机关已立案或受理：在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查，或者在人民法院受理案件后，逃避侦查或审判的，不受追诉期限限制；
- 被害人控告未立案：被害人在追诉期限内提出控告，公安机关应立案而未立案的，不受追诉期限限制。
典型场景：例如，犯罪嫌疑人作案后潜逃多年，或被害人长期向公安机关报案但未获立案，均可能突破时效限制。
- 特殊情况：需报最高检核准
即使超过二十年最长追诉时效，若认为必须追诉（如涉及重大社会影响、极端恶劣情节等），需层报最高人民检察院核准。
实践要点：此类案件需结合具体案情，评估社会危害性、犯罪后果及追诉必要性，由最高检最终决定是否追诉。
建议：若您或他人涉及此类问题，需结合具体案情（如犯罪类型、时效期限、是否逃避侦查等）综合判断。如有疑问，可直接向我提供更多细节，我将进一步分析法律风险。