公司可以与员工就赔偿金问题签订协议，但该协议需满足一定条件才具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议的有效性条件：

   • 不违反法律法规：协议内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，不得损害国家、社会公共利益或第三人的合法权益。
   • 平等自愿协商：协议应在双方平等自愿、协商一致的基础上达成，用人单位不得利用自身优势地位或劳动者的急迫心理迫使劳动者签订不公平的协议。
   • 无欺诈胁迫情形：协议签订过程中不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，确保劳动者的真实意愿得到体现。

2. 赔偿金的具体约定：

   • 经济补偿标准：虽然《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条规定了经济补偿的标准，但并未禁止用人单位和劳动者就经济补偿金进行协商。双方可以约定高于或等于法定标准的经济补偿金。
   • 赔偿范围：赔偿金可能包括因解除劳动合同而产生的经济补偿、未休年假的工资报酬、加班费、社会保险和住房公积金的补缴等。具体赔偿范围应根据实际情况和法律法规进行约定。

3. 协议签订的建议：

   • 书面形式：为避免后续产生不必要的纠纷，建议公司与员工就赔偿金的支付问题达成一致意见后，签订书面协议进行明确。书面协议应详细列明赔偿金的金额、支付方式、支付时间等关键条款。
   • 法律审查：在签订协议前，双方可以寻求专业律师的法律审查，确保协议内容合法合规，避免潜在的法律风险。

4. 可能存在的法律后果：

   • 协议无效：如果协议存在违反法律法规、欺诈胁迫等情形，劳动者有权向法院请求撤销该协议，以维护自己的合法权益。
   • 法律责任：如果用人单位未按照协议约定支付赔偿金，劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。

举例说明： 假设某公司因业务调整需要与员工解除劳动合同，双方经过友好协商，约定公司支付给员工高于法定标准的经济补偿金，并签订了书面协议。该协议在双方平等自愿、协商一致的基础上达成，且不违反法律法规的强制性规定，因此是合法有效的。如果公司未按照协议约定支付赔偿金，员工可以依法维护自己的权益。

总结与建议： 公司可以与员工就赔偿金问题签订协议，但必须确保协议的合法性、公平性和有效性。在实际操作中，应遵循相关法律法规的规定，确保双方的权益得到妥善保护。如果您在赔偿金协议签订过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。