当犯罪嫌疑人在两地分别犯下案件时，其处理过程确实涉及多个法律环节和原则，我会为您详细阐述这一过程。
一、管辖确定
首先，需要明确的是，刑事案件的管辖一般遵循犯罪地原则，即由犯罪行为发生地的人民法院管辖。若被告人居住地法院审判更为适宜，也可由其管辖。在两地犯案的情况下，最初受理的公安机关将负责管辖，必要时可由主要犯罪地的公安机关管辖。若几个公安机关都有权管辖，它们可以通过协商或由共同的上级公安机关指定管辖。
二、案件侦查与证据收集
两地公安机关需密切协作，共同开展侦查工作。这包括共享信息、线索和证据，以形成完整的证据链条来支持指控。在侦查过程中，公安机关会依法收集、固定和保全证据，确保案件事实的清楚和证据的充分。
三、犯罪事实认定与罪名确定
司法机关会根据两地的犯罪事实和相关法律规定，分别对犯罪嫌疑人在不同地区的犯罪行为进行认定。这包括判断其是否构成相应的犯罪，以及确定具体的罪名。在认定犯罪事实时，司法机关会考虑两地犯罪行为之间的关联性，如是否为实现同一个犯罪目的而在不同地区实施的不同犯罪行为，或前后犯罪行为之间是否存在因果关系等。
四、刑罚裁量与数罪并罚
若犯罪嫌疑人在两地所犯的罪行都被认定为有罪，且符合数罪并罚的条件，法院将依据《中华人民共和国刑法》第六十九条的规定进行量刑。具体来说：
有期徒刑的总和刑期：若总和刑期不满三十五年的，最高不能超过二十年；若总和刑期在三十五年以上的，最高不能超过二十五年。
数罪中有判处有期徒刑和拘役的：执行有期徒刑。
数罪中有判处有期徒刑和管制，或者拘役和管制的：有期徒刑、拘役执行完毕后，管制仍须执行。
数罪中有判处附加刑的：附加刑仍须执行，种类相同的合并执行，种类不同的分别执行。
此外，法院在量刑时还会全面考虑犯罪性质、情节、危害后果，犯罪者的主观恶性，以及自首、立功、坦白等可以从轻或减轻处罚的情节，还有累犯等应当从重处罚的情节。
五、特殊情况处理
在处理两地犯案的情况时，还可能遇到一些特殊情况，如追诉时效、共同犯罪和地域差异等。对于追诉时效，依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行计算；对于共同犯罪，根据各自在共同犯罪中所起的作用分别处罚；对于地域差异，法院会根据具体情况，结合犯罪地的法律标准和案件事实进行公正裁决。
综上所述，犯罪嫌疑人在两地犯案的处理是一个复杂而严谨的法律程序。司法机关会根据具体情况，遵循相关法律法规，综合考虑各种因素，确保案件的公正、合理处理，同时保障犯罪嫌疑人的合法权益。希望这个解答能帮助您更好地理解这一问题。