公司违法扣工资，劳动者可采取以下措施维护自身权益：

1. 与公司协商解决
   首先，劳动者可尝试与公司人力资源部门或直接上级沟通，明确指出公司扣工资的行为违反了《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，要求公司立即停止违法行为并补发被扣工资。在协商过程中，建议劳动者保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录等）作为后续维权证据。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，劳动者可向公司所在地的劳动监察大队投诉。投诉时需提供劳动合同、工资条、扣款通知等证据材料，劳动监察部门将依法对公司进行调查，并责令公司限期支付被扣工资。若公司逾期不支付，劳动监察部门可责令公司按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。

3. 申请劳动仲裁
   若劳动监察部门处理后公司仍未改正，劳动者可向公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁申请需在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出。仲裁过程中，劳动者需提供充分证据证明公司存在违法扣工资的行为（如工资条、考勤记录、公司规章制度等）。仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行，劳动者可向法院申请强制执行。

4. 提起诉讼
   若劳动者对仲裁裁决不服，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出最终判决。若公司败诉，除需支付被扣工资外，还可能需承担诉讼费用及劳动者的合理维权费用（如律师费、交通费等）。

注意事项：

• 劳动者在维权过程中需保持冷静，避免与公司发生直接冲突，以免影响后续维权。
  
• 劳动者应妥善保管与工资相关的所有证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在维权时提供有力支持。
  
• 若公司扣工资的行为涉及恶意拖欠或拒不支付劳动报酬，且数额较大，劳动者还可向公安机关报案，追究公司相关责任人的刑事责任。