若单位决定不起诉员工（这里理解为不追究员工可能的法律责任或不对员工提起诉讼），单位通常会根据内部规章制度、劳动合同以及相关法律法规，采取以下处理方式：

1. 内部纪律处分：

   • 单位可能会依据其内部制定的员工手册、规章制度或劳动合同中的相关条款，对员工进行纪律处分。这种处分可能包括警告、记过、降职、降薪、解雇等，具体取决于员工行为的严重程度以及单位的规定。
   • 例如，如果员工因疏忽大意导致单位遭受轻微损失，单位可能会给予警告或记过处分；如果员工行为严重违反单位规定或造成重大损失，单位可能会考虑解雇员工。

2. 协商解决：

   • 在某些情况下，单位可能选择与员工进行协商，以达成双方都能接受的解决方案。这可能包括员工赔偿单位损失、单位对员工进行某种形式的处罚但保留其职位等。
   • 协商解决的好处在于可以避免法律纠纷，同时维护单位与员工之间的关系。然而，这需要双方都有诚意进行协商，并能够就解决方案达成一致。

3. 不采取任何行动（在合法范围内）：

   • 如果员工的行为并未违反单位规定或法律法规，或者单位认为追究员工责任的成本过高、效果不佳，单位可能会选择不采取任何行动。
   • 例如，员工因个人原因迟到几次，但并未影响工作，单位可能会选择不追究其责任。

4. 依据法律法规进行其他处理：

   • 如果员工的行为涉及违法或违规，但单位决定不起诉员工（如不提起刑事诉讼或民事诉讼），单位仍可能根据相关法律法规向相关部门报告或采取其他合法措施。
   • 例如，员工涉嫌贪污但单位决定不提起刑事诉讼，单位仍可能向公安机关报案或向相关部门举报。

在处理员工问题时，单位应确保其行为符合相关法律法规和内部规章制度，避免侵犯员工的合法权益。同时，员工也有权了解单位对其的处理决定，并在认为处理不当时寻求法律救济。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。